违规行为和不规范现象的产生，除了政府职能存在错位、越位、缺位，招投标的有形交易市场及相应管理体制不健全外，还与政府投资项目管理及其招投标的机制设定存在缺陷有关，同时也与多年招投标活动中形成的社会“潜规则”有关。概括起来，主要有以下三点：

(一)招投标活动的管理体制不合理、制度不完善。在政府投资项目的招投标活动中，纳税人(即初始委托人)、政府、招标人、招标代理机构、评标专家以及毫不相干人之间的多层次委托代理关系，使初始委托人与招标人和投标人之间信息不对称，招标人与投标人为自身利益考虑，就可能发生相互串谋，内定中标或哄抬中标价格。目前政府投资项目实施从决策、招投标、建设管理到竣工验收大多仍在一个部门或系统内封闭完成，真正统一的招标管理机构和招标平台还没建立，招投标管理和监督体制还没理顺，多头监管格局引发相互矛盾和职责推诿，造成监管不力。

(二)缺乏完善的监督体系，监督和处罚的力度欠缺。一是统一完备的招投标管理体系还没形成，各行业、各部门出台的法规、制度标准不一，甚至相互抵触，还不能有效地防止人为因素的干扰。二是纪检、监察部门和招投标监管机构等只对招投标程序和结果进行监管，对招投标内容、标底及合同订立等监督存在缺位，使招投标管理的后续监督出现真空，借资质、非法转包、擅自变更合同和工程内容等未能得到有效的制止。同时政府投资项目招投标活动的行政主管部门以及重点项目办公室既要对招投标活动进行监管，又要受理投标人及其他利益关系人的投诉，以及招标代理机构的认定，业务众多，造成监督力量分散而缺乏力度，使招标单位自主招标的权力过大。三是审计监督严重滞后，监督范围过小，审计整改难。一方面，各地在政府投资项目审计监督中存在多头管理、职能交叉、职责不清等问题;另一方面，审计机关投资审计力量与组织审计经费的严重不足，也使项目审计的提前介入得不到保障，审计覆盖面狭窄，从而导致有的工程投用多年仍决算，建设资金使用失控甚至侵吞，审计整改落实难。四是对违规行为的处理处罚也只有警告、责令限期整改、罚款、没收违法所得或取消一定时期内参加投标、评标的资格，对违规者的震慑力不够。

(三)缺乏相应的行政监督申诉制度和举报激励机制，导致制衡机制未能有效形成。现行的招标投标法对此没有明文规定，许多举报人要面对受报复的威胁，顾虑举报没有效果，招投标违规隐蔽性强取证难等，从而自动放弃举报。同时，缺乏对招投标中违规行为的举报激励机制、为举报人保密机制，舆论监督以及协调统一的行政监督申诉制度和投标人救济制度，仍不能对招投标活动形成有效的制衡机制。