1、经营目标不同

营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化；非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。

2、分配方式不同

营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。

3、处置财产方式不同

营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产；而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。

4、收支结余的用途不同

营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。

5、是否享受财产补贴

政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。

6、价格标准不同

营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况自主制订价格.非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照主管部门制订的基准价，并在其浮动范围内，确定其本单位实际医疗服务价格。

7、城镇个体诊所股份制、股份合作制和中外合资医疗机构一般定为营利性医疗机构。

一、医疗机构需要办理哪些证件才可以开

1、要开医疗机构，需要办理以下证件：《医疗机构执业许可证》、《药品经营质量管理规范认证证书》、《药品经营许可证》、营业执照等证件。除此之外还要有适合的名称、组织机构和场所，能够独立承担民事责任等。

2、法律依据：《医疗机构管理条例》

第十六条申请医疗机构执业登记，应当具备下列条件：

（一）有设置医疗机构批准书；

（二）符合医疗机构的基本标准；

（三）有适合的名称、组织机构和场所；

（四）有与其开展的业务相适应的经费、设施、设备和专业卫生技术人员；

（五）有相应的规章制度；

（六）能够独立承担民事责任。