(一)两者设立的出发点上，存在很大的不同

无因性理论实现对市场交易秩序的保护主要是通过债权行为与物权行为的分离，其要解决的主要问题是“物权行为是否需要一个原因性的目的规定(内容无因性问题)，以及物权行为之效力是否取决于义务负担行为之效力(外部无因性)……该理论并没有将双方当事人以外的第三人考虑在内，并不是通过对交易中的善意第三人的保护来体现的，而是以双方当事人的利益和意志为追求。”[1]也就是说，即便不存在第三人，无因性理论仍有其存在的价值和意义。就仅存在的双方当事人，也可以凭借无因性理论理顺交易和产权关系。由此我们可以得出，虽然无因性理论在价值理念上强调了对第三人产权的保护，侧重维护交易的动态安全，在客观上稳定了市场交易秩序，但其本意，并不是要以解决原物所有人、出让人和第三人产权关系为首要出发点的。其更深远的目的还是在于丰富法律行为概念的内涵，明确交易中的多重法律关系，促进民法的体系化与科学化。

而善意取得制度从设计之始，就是以关注第三人财产安全、促进流通，保障市场交易秩序为目的和出发点的，“该制度从设计上就是以三方当事人为模型的，也即原所有人、作出无权处分的受让人和信赖受让人为有权处分人并与之为交易行为的善意第三人。善意取得的适用使得善意第三人仅依自己对公示的信赖，便能获得公信力的保护，得以对抗原所有权人的追及，确定的取得标的物所有权。”也就是说，善意取得制度的关注点，更多在于理顺三人或多人条件下的产权关系，而对于二人关系和除产权关系以外的其他法律关系，善意取得制度并不关心也没有其存在的意义，这就与无因性理论的出发和着眼点有很大的不同。

(二)两者运行的机制上，存在较大的差异

无因性理论和善意取得制度，在保护第三人产权关系的运行机制上，也存在很大的不同，举例分析之：假使存在原物所有权人A，出让人B与第三人C这三方当事人，在这三者的法律关系中，A出让其所有物给B，B再转手将物让与C。如果A与B的合同存在瑕疵归于无效或者A的意思表示不真实事后行使撤销权导致合同无效。

在采取物权形式主义的国家，根据无因性理论，A与B之间的交易存在三个合同，即一个A出卖物于B的债权合同和两个A转移物于B与B支付对价于A的物权合同。这三个合同，也即一个债权行为附加两个物权行为。债权合同虽然无效或者嗣后被撤销，但并不导致两个物权行为的无效和消灭。因为债权合同只是之后两个物权合同原因，物权合同才是导致物权变动的和直接原因。也因此，尽管A与B之间的债权合同无效，但物权仍发生流转，所有权已经成功转移到B，再通过B转移到C。A不得对C主张原物返还的请求权，而只能基于其与B签订的债权合同无效而主张B返还不当得利。如果本案件只存在两个当事人A和B，结果也是一样的，A只能向B主张不当得利的返还请求权，而B为物的所有权人。

在采取债权意思主义和债权形式主义的国家，A与B之间合同的无效或被撤销必然导致所有权不发生流转的效力，A仍为物的所有权人，这时候A不仅可以向B主张不当得利的返还请求权，还可以基于物的所有权人的身份主张对物的原物返还请求权，如果B已经将物转让给了C，则A有权对C行使上述权利。而由于善意取得制度的存在，如果第三人C与B进行交易时出于善意，支付了合理的对价，且动产已交付不动产已登记，法律就阻断了A对C的追击，而直接规定C为物的所有权人，A只能向C的前手B主张返还不当得利。

从这里我们可以看出，无因性理论主要是通过对债权行为和物权行为的划分，规定债权行为对物权行为相互独立，并不产生影响，因而在法律行为内部实现对第三人产权的保护，体现出更多学理性的倾向。而善意取得制度则是直接源于法律的规定，善意的第三人可以取得对物的所有权，其对法律行为如何进行划分和作用并没有进行判断，也因此其对第三人产权的保护更多是一种外在性的保护，体现出更多政策性的倾向。

(三)两者的适用范围上，存在明显的界限

无因性理论的适用范围，主要是合同基于一定的瑕疵不成立或者宣告无效，或者当事人意思表示存在缺陷所导致的合同被撤销的情形。在此种情况下，根据无因性理论能够很好地解决当事人之间的产权纠纷，理顺当事人之间的法律关系。而对与无权处分的情形，无因性理论则适用有限。

关于无权处分，由于情况复杂，这里需要稍微解释一下。一般而言，无权处分的情形有两种，一种姑且称作“自始的无权处分”，是指出让人在与第三人交易时没有、嗣后也没有取得对物的处分权，在该情况下，出让人转让物给第三人的行为是否有效取决于原物所有权人是否追认，在物权形式主义的国家债权行为有效而物权行为效力待定，在债权形式主义国家则表现为合同效力待定，而合同效力直接影响到物权的最后归属;另一种姑且称作“嗣后的无权处分”，是指原物所有权人与出让人通过合同，动产交付、不动产登记已经转移了物的所有权，出让人合法占有了物的所有权，再将其依法转让给第三人。但嗣后出让人与原物所有权人之间因为合同或者当事人意思表示的瑕疵最终导致合同不成立、无效或者被撤销。在债权形式主义国家，合同的效力直接影响到物权变动的效力。先前作为有权占有的出让人因受到与原物所有权人合同不成立、无效或被撤销的影响，突然变成了无权占有人，其与第三人的交易行为也变成了无权处分。而在物权形式主义的国家，因为有无因性理论的存在，所以不存在嗣后的无权处分的可能。

这里笔者所说的无因性理论对无权处分行为适用范围有限主要是指“自始的无权处分”的情形。通说认为，在此种情况下，无权处分人与受让人第三人所签订的买卖合同有效，但是其转移所有物的行为效力待定，也即无权处分人与受让第三人所签订的债权合同有效，物权合同效力待定。如果嗣后得到原物所有权人的追认，则物权合同有效，所有权发生转移，由第三人取得对物的所有权;如果嗣后原物的所有权人拒绝追认，则物权合同无效，所有权不发生转移，物的所有权仍由原物的所有权人享有。产权的归属最终取决于与出让人和第三人订立的合同毫无关系的原物所有人的意思表示，这不仅是对合同相对性原则的突破，而且对交易的安全和市场秩序的稳定造成了损害。由此可以得出，在自始无权处分的情况下，无因性理论就丧失了对第三人和交易安全的保护作用。而善意取得制度不仅适用于存在善意第三人时的原物所有权人与出让人合同不成立、无效或者被撤销的情形，也同样适用于两种无权处分的情形。

另外，无因性理论对第三人的主观构成没有要求，善意和恶意皆可，即使是恶意第三人，基于无因性理论同样可以获得对物的所有权。而善意取得制度中第三人的主观状态必须是善意。无因性理论既可以适用于动产也可以适用于不动产，而善意取得制度主要适用于动产。