物流运输公司除了本公司自己购买的车辆之外，常常有大量运输车辆是挂靠的，物流运输公司借此可以收取一定的管理费，即挂靠费，但是有利必有弊，如果挂靠车辆出了交通事故，则会给物流运输公司带来麻烦和损失。因为在目前司法实践中，挂靠汽车发生交通事故，实际车主和被挂靠的物流运输公司承担连带赔偿责任。虽然汽车往往都投了保险，但是由于人身损害赔偿费用往往高于保险赔偿额，每年的人身损害赔偿费在不断地增长，而保险赔偿额却是固定的，有的赔偿费用如精神损害抚慰金，保险公司一般是不赔的，有的一场交通事故造成多人死亡或受伤，靠保险根本不能解决问题，而实际车主往往经济实力有限，在这种情况下，受害人往往要求物流运输公司承担赔偿责任，物流运输公司不得不为实际车主的行为买单，在实务中经常有的物流运输公司因为交通事故案件太多，其帐户不断被法院查封，最后不得不关门走人。车辆挂靠的另一法律风险是挂靠车辆拖欠行政费、税费以及违章罚款等，实际车主不出面解决，在这种情况下，住往是被挂靠的单位成为冤大头，首先接受行政处罚，至于能否从实际车主处追回，要看运气了。

二、货物配载不当的风险。由于装配方法不妥当或者是货物混装等原因，在运输途中，常常发生货物丢失或者损坏的事件。有的货物由于与易燃易爆货物混装，从而引发火灾事故，导致车辆和货物全部烧为灰烬，造成惨重的经济损失，不得不引起我们的重视。另外，货物配载不当，还会引起安全事故。时常发生因货物捆绑不牢而致货物在运输途中从车上滑落而致行人死伤的事故，这样的事故后果往往非常严重。

三、货物被骗风险。有的物流运输公司本身由于车辆有限，有的配载公司根本没有车辆，如果有的客人需要运货，就临时到停车场找车。临时找来的车辆风险很大，有的驾驶员伪造驾驶证、行驶证、身份证等证件，接受物流公司的委托装好货物后，逃之夭夭，下落不明，将货物骗走。时下，该类犯罪较为常见，物流公司的人应该警惕，不要给不法分子以可乘之机。

四、运输费用被拖欠的风险。物流运输公司为了开展业务，往往采垫资方式，即委托单位先不付运费，到月底或年底进行结算。物流公司只有先支付各种费用，驾驶员的工资、油费、过路过桥费等。此方式风险很大，有的委托单位到时不付钱，甚至关门走人。另外，有的物流公司平时法律意识不强，运输时不签书面合同，没有欠债凭证，到时只好任人宰割。有的欠款被一拖再拖，以致丧失诉讼时效，而变为死帐。