根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条第一款的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。我国的诉讼时效一般是两年，如果当事人对税务机关作出的行政处罚决定不服的，可以申请行政复议或者提起行政诉讼。

1、法律规定不严密。违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。这一规定明确了违反国家税收法律、行政法规的涉税违法行为的追究时效。但实际工作中，财政部、国家税务总局制定的规章也可以设定行政处罚，其追究时效究竟是适用五年还是两年的规定不够明确。

新征管法的立法本意是涉税违法行为一律适用五年的规定。而《行政处罚法》第二十九条规定：违法行为在两年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。这里的法律指的是狭义的法律，即全国人民代表大会及其常委会指定的规范性文件，如征管法。据此，则规章设定的处罚追究时效只能适用两年的规定，这又违背了新征管法的本意。

2、追究时限未分类。针对税务行政处罚的特殊性，新征管法突破了行政处罚法处罚时效的规定，这确实具有历史性的意义。但从另一方面来看，这一规定有矫枉过正之嫌。一是违背了行政处罚的公正原则。行政处罚法规定：设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。

这一规定当然包括追究时效的设定和执行。实际工作中，税收违法行为的轻重有较大差异，追究时效相同导致结果不公正，如逾期申报和虚开专用发票两种行为的危害性差异较大。

二是不利于提高行政效率。追究时效过长，特别是对一些恶性较轻的违法行为适用五年的规定，容易助长执法人员的执法惰性。

三是与刑法规定的界限不清。我国刑法针对犯罪的轻重，规定了四档追诉期限，较好地体现了罪刑相适应原则。刑法的最低追诉期限也是五年，税务行政处罚处罚的只是一般的违法行为，而非犯罪行为，笼统地规定其追究时效为犯罪追诉期限的底线，显然忽略了违法与犯罪的恶性之差。

3、时效起点难计算。行政处罚追究时效起点的准确界定是保障行政处罚合法性的一个重要标尺。新征管法对税务处罚的追究时效未作规定，那么行政处罚法的规定显然适用于税务行政出罚。行政处罚法规定，追究时效通常从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者延续状态的，从行为终了之日起计算。实践中上述条款如何理解争议很大。