发生农民工工伤赔偿纠纷，劳动者可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动仲裁委员会申请仲裁，并提交双方存在劳动关系等材料；若对仲裁裁决不服的，可以依法提起诉讼。

法律依据：

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条

中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

（一）因确认劳动关系发生的争议；

（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

（六）法律、法规规定的其他劳动争议。农民工遭遇工伤，其所在的单位可以依法为农民工申请工伤认定，在获得工伤认定决定书后可以依法申请工伤赔偿。如果单位拒不申请的，则农民工或其直系亲属等可以自行申报。法律依据：《工伤保险条例》第十七条职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。第十八条提出工伤认定申请应当提交下列材料：（一）工伤认定申请表；（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。

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《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：第一章　总则　　第二条　【适用范围】中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：\n（一）因确认劳动关系发生的争议；\n（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；\n（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；\n（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；\n（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；\n（六）法律、法规规定的其他劳动争议。