总公司授权分公司独立开发票合法。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县(市)的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。分公司可以开发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。

一、外出经营活动税收管理证明的法律依据是什么

《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第二十一条

《税收征管法实施细则》第二十一条规定从事生产、经营的纳税人到外县（市）临时从事生产、经营活动的，应当持税务登记证副本和所在地税务机关填开的外出经营活动税收管理证明，向营业地税务机关报验登记，接受税务管理。从事生产、经营活动的纳税人外出经营的，在同一地累计超过180天的，应当在营业地办理税务登记手续。

从事生产、经营纳税人应当按照规定在领取营业执照之日起30日内，向生产、经营地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记，在办理过税务登记后，如果有到外县（市）临时开辟营业地，纳税人就必须首先持税务登记证副本向主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明，主管税务机关审核后，按照一地一证的原则，核发《外出经营活动税收管理证明》。

二、分公司个税如何申报

税务登记等。税务登记证要跟营业执照一起,分公司的也要办税务登记证,还要在领取营业执照后30日内办理.是否国地税都要办，视乎你的企业所得税是国税征收还是地税征收；如果是国税收，则国地税都要办;如果地税征收，则还要看经营项目,如果是营业税为主税种,则只办地税，如果增值税为主税种，则国地税都要办。申报纳税.视乎税种.营业税在劳务发生地缴税；企业所得税由总机构汇总申报;代扣缴个人所得税由支付工薪的机构代扣缴。是否独立核算是总机构说了算。判断是否独立核算，一是是否独立开设银行账户；二是是否独立记账;三是是否自负盈亏。现在税务上也不大管你是否独立核算,该汇总缴纳的(企业所得税)都要汇总缴纳，该就地缴纳的(营业税)都要就地缴纳。可以就地缴纳也可以汇总缴纳的(个人所得税)，没经过审批,也就地缴纳。