具体而言，侦查阶段的非法证据排除规则的适用程序主要体现在以下几个方面：

第一，以法律条文的形式确定了非法证据排除规则。《刑事诉讼法》第56条中规定了在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。

第二，赋予了辩护人在侦查阶段的权利和地位。《刑事诉讼法》赋予了辩护人在侦查阶段的地位，保障了犯罪嫌疑人从侦查阶段开始就能够确立律师保障其诉权。

第三，讯问过程中需要录音录像。《刑事诉讼法》规定了对于可能判处无期徒刑、死刑的案件或者其他重大犯罪案件要录音录像；对于其他案件，侦查机关可以录音或者录像，也可以不录音或者录像。并且一旦录音、录像的话就要保证全程的完整。

(二)检察机关公诉阶段非法证据排除规则的适用

公诉阶段，检察机关对于非法证据排除规则的适用主要有以下几点：

1、程序的启动。检察机关在自行审查时如果发现存在非法证据的，要依法予以排除；除了依职权外，在侦查阶段还可以依申请排除非法证据，申请人即为当事人及其辩护人、诉讼代理人。此外，依照申请排除非法证据的，需要上述人员提供材料或者线索证明涉及非法证据获取的人员、时间、地点、内容以及方式等。

2、审查程序。如果排除非法证据是检察机关依职权启动的，那么要经过检察长的批准后调查核实；如果非法证据的排除是依据当事人的申请启动的，并且符合申请条件的当事人提供了涉及非法证据取证的线索，检察机关首先要做的是整合申请提交的线索，在整合的过程中若不能够证据获取的途径是合法的，那么需要报请检察长批准进行调查核实。

(三)庭审程序中非法证据排除规则的适用

1、一审庭审程序中非法证据排除规则的适用

在一审的庭审过程中，通过依职权和依申请两种方式来排除非法证据。由法官在审判过程中收集到的证据的法律性质，将开始按照职权调查证据的合法性。在这种模式下，启动的主体是审判人员，因为审判人员有确保案件审理是客观公正的义务，在庭审中就体现为启动非法证据排除规则；另外一种依申请启动的庭审非法证据排除。在《最高人民法院司法解释》中规定了“法院向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据的，应当在开庭审理前提出，但在庭审期间才发现相关线索或者材料的除外。”可以看出，申请排除非法证据的时间是和案件的审理时间相一致，但一旦在庭审过程中发现非法获取的证据，也是允许在庭审期间申请排除非法证据，主要是为了最大限度的保障当事人诉权。

2、二审庭审程序中非法证据排除规则的适用

如果申请上诉或者抗诉的唯一原因是非法证据所致，那么二审法院需按照刑事诉讼法第54条的规定审查是否存在的非法收集证据的情形，若有则应予排除；如果以非法证据作为申请上诉、抗诉理由之一的，或在二审案件的审判过程中，并且也符合刑事诉讼法第54条规定的非法证据情形的，也应被排除在外。