商品房的房屋面积补差是否按套内由双方自行约定，具体如下：

《商品房销售管理办法》中第20条规定按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。

1、按套（单元）计价的现售房屋，当事人对现售房屋实地勘察后可以在合同中直接约定总价款。

按套（单元）计价的预售房屋，房地产开发企业应当在合同中附所售房屋的平面图。平面图应当标明详细尺寸，并约定误差范围。房屋交付时，套型与设计图纸一致，相关尺寸也在约定的误差范围内，维持总价款不变；套型与设计图纸不一致或者相关尺寸超出约定的误差范围，合同中未约定处理方式的，买受人可以退房或者与房地产开发企业重新约定总价款。买受人退房的，由房地产开发企业承担违约责任。

如果误差范围在合同约定的范围之内，则按照合同约定总价款确定商品房计税销售收入，如果重新约定总价款，则需要按照双方重新约定的总价款确定商品房计税销售收入。买受人退房的，房地产企业可以冲减当期计税销售收入，但支付的违约金不能冲减计税销售收入。

2、按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。

合同未作约定的，按以下原则处理：

（一）面积误差比绝对值在3％以内（含3％）的，据实结算房价款；

（二）面积误差比绝对值超出3％时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3％以内（含3％）部分的房价款由买受人补足；超出3％部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3％以内（含3％）部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3％部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。

面积误差比＝（产权登记面积－合同约定面积）／合同约定面积×100％。

当面积误差比绝对值超过3％时，房地产企业有可能支付客户退房的房价款利息以及承担超出3％部分的房价款，还有可能双倍返还客户绝对值超出3％部分的房价款。

支付给客户退房款可以冲减其当期计税销售收入，支付给客户的利息相当于占用客户资金支付的资金使用费，不能冲减计税销售收入，自行承担的房价款既有赔偿的性质也带有一定捐赠的性质，房地产企业可以不做纳税处理，仍然按照合同约定价款确定计税销售收入。双倍返还客户绝对值超出3％部分的房价款房地产企业可以冲减其当期计税销售收入。

房地产开发企业需要注意《营业税条例实施细则》第十五条的规定纳税人发生应税行为，如果将价款与折扣额在同一张发票上注明的，以折扣后的价款为营业额；如果将折扣额另开发票的，不论其在财务上如何处理，均不得从营业额中扣除。所以其无论自行承担超出3％部分的房价款还是双倍返还绝对值超出3％部分的房价款给买受人，其为买受人开具的发票应当是净额显示，或者将双倍返还款视为折扣，将合同价款与折扣额在同一张发票上注明。

3、按建筑面积计价的，当事人应当在合同中约定套内建筑面积和分摊的共有建筑面积，并约定建筑面积不变而套内建筑面积发生误差以及建筑面积与套内建筑面积均发生误差时的处理方式。

一、产生房屋面积误差的原因

法律规定和合同约定中所指的面积误差，是指开发商交付房屋时的实际面积（即实测面积）与《预售合同》中约定的预售面积的差距。面积误差形成原因主要包括以下几个方面：

1、图纸测算和现房测量由于测量对象实体不同可能会产生误差。买受人在购房时（主要指期房）拿到的面积叫预测面积，它主要是测量单位根据图纸得来；而买受人在入住时拿到的面积叫实测面积，是由测绘单位在项目竣工以后实地测出的。这样，从图纸到现房，本身就出现了产生误差的环节。

2、开发商在施工过程中可能会修改图纸，这可能会造成原始预测面积与实测面积较大差异。政策的不完善也是产生测量误差的一个重要原因。据了解，目前测量单位所依据的政策本身就有许多不完善的地方，例如：有关公用面积具体分摊计算的政策目前还不够完善，政策只规定了分摊部位，但如何分摊计算却没有具体规定；有些建筑面积如何测算，规范没有反映出来。如墙体不垂直的、挑窗台承重柱突出墙外、室外楼梯具体如何计算等规范中就没有提到，这就特别容易导致作业人员因理解不同而测算出不同结果。

3、测量本身有误差。