传统的刑事诉讼的证明责任是由公诉机关承担，被告人不负自证无罪的责任。因此，刑事诉讼中被告人或嫌疑人一般不负举证责任。巨额财产来源不明罪出台后，多数学者认为本罪打破了刑事诉讼举证责任的常规，实行了举证责任的倒置。倒置的理由就是“说明来源”，不能说明来源，即以巨额财产来源不明罪定罪处罚。因此，被告人或者嫌疑人必须提供证据说明财产来源的真实性，才能逃避巨额财产来源不明罪的惩罚。但也有观点认为，巨额财产来源不明罪的举证责任并没有打破常规，仍由公诉机关承担举证责任。被告人或嫌疑人只需说明来源，至于“说明来源”的真假，仍由公诉机关举证证明，被告人或嫌疑人不负举证责任。

笔者认为，分配举证责任要从有利于证明案件事实的角度出发，要考虑举证责任分配的可能性与现实性，并结合立法的目的。举证责任分配可能性是指当事人提供证据的能力，其标准有两个：一是证据应当或者事实上为哪一方当事人所掌握和控制;二是由哪一方当事人提供证据所造成的困难最小。将举证责任分配给永远无法证明的一方当事人显然是错误的。从举证责任分配的可能性与现实性出发，不可否认，由行为人提供证据证明巨额财产的真实来源要比公诉机关容易得多。因此，笔者建议，巨额财产来源不明罪即使不实行举证责任倒置，也必须提高行为人“说明来源”的程度，如“举证说明”或提供确切证据线索说明或者作出“合理满意的说明”等。行为人承担一定的举证责任，更符合举证责任分配的现实性与可能性。公诉机关如果以巨额财产来源不明罪对行为人提起公诉，必须有确凿的证据证明行为人有“拒不说明”财产真实来源的行为。如果行为人对其“说明”没有任何责任，其就会将巨额财产的来源作任意说明，检察机关不能查明财产的真实来源，责任如何承担?由行为人承担是不符合道理的，因为行为人已作“说明”，检察机关不能查明的责任只能由检察机关自己负责，按照“疑罪从无”的原则只能推定行为人无罪，那么，巨额财产来源不明罪就会形同虚设。因此，应提高“说明”的程度或标准，并且限定其“说明或申报”的时间，不能让其无限期拖延下去，以提高司法效率。

巨额财产来源不明罪打击的就是破坏国家工作人员廉洁性的行为，此时，对于国家工作人员巨额的财产收入，需要由其具体说明来源，如果无法说明或者说明的内容不真实的话，则就推定来源不合法，此时就要依法追究刑事责任。