专利局在收到申请人提交的实质审查请求书以及已有技术参考资料、实质审查费之后即对该专利申请进行实质审查，通常要检索与发明主题有关的现有技术并对下列问题进行审查：

1、申请专利的发明是否属于专利法所称的发明

2、申请专利的发明是否违反国家法律、社会道德、公共利益；

3、申请专利的发明是否属于不授予专利权的领域；

4、申请专利的发明是否具备新颖性、创造性、实用性；

5、是否符合同样的发明创造只能被授予一项专利的规定；

6、依照专利法第九条的规定，是否属于最先申请人；

7、说明书是否清楚完整地叙述了发明内容，说明书的撰写是否符合规定；

8、权利要求书是否以说明书为依据，写明了要求保护的范围以及权利要求书的写法是否符合规定；

9、专利申请是否符合单一性的要求；

10、申请人对其申请文件的修改或者分案，是否明显超出了原说明书和权利要求书记载的范围；

经过实质审查，专利局认为不符合上述专利法规定的，即会以书面形式通知申请人，要求其在指定的期限内进行修改或陈述意见，申请人无正当理由期满未答复的，其申请被视为撤回。申请人补正或陈述意见后，专利局仍然认为不符合上述规定的，就会予以驳回并通知申请人，申请人不服驳回的，可以向专利复审委员会请求复审。

实质审查程序的基本原则

(1)请求原则

除专利法及其实施细则另有规定外，实质审查程序只有在申请人提出实质审查请求的前提下才能启动。审查员只能根据申请人依法正式呈请审查(包括提出申请时、依法提出修改时或者答复审查意见通知书时)的申请文件进行审查。

(2)听证原则

在实质审查过程中，审查员在作出驳回决定之前，应当给申请人提供至少一次针对驳回理由和证据陈述意见和/或修改申请文件的机会，即审查员作出驳回决定时，决定中涉及的驳回理由和所依据的证据应当在之前的审查意见通知书中已经告知过申请人。

(3)节约程序原则

在对发明专利申请进行实质审查时，审查员应当尽可能地缩短审查过程。换言之，审查员要设法尽早地结案。因此，除非确认申请根本没有被授权的前景，审查员应当在第一次审查意见通知书中，将申请中不符合专利法及其实施细则规定的所有问题通知申请人，要求其在指定期限内对所有问题给予答复，尽量地减少与申请人通信的次数，以节约程序。但是，审查员应当注意，不得以节约程序为理由而违反请求原则和听证原则。