1、发现无违法犯罪行为或者犯罪并非嫌疑人所为的(即程序倒流)

《高检规则》第262、263条规定，对于公安机关移送审查起诉的案件，发现犯罪嫌疑人没有违法犯罪行为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关处理;发现犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关并建议公安机关重新侦查。

审查起诉部门对于本院侦查部门移送审查起诉的案件，发现具有上述情形之一的，应当退回本院侦查部门建议作出撤销案件的处理。

也就是说，对这两种情形，不能作出不起诉处理，只能退回公安机关或者本院侦查部门处理，即所谓程序倒流。

2、发现新的犯罪事实的

人民检察院在审查起诉中发现新的犯罪事实的，一般先通过退回公安机关补充侦查来解决。补充侦查以二次为限，一次一个月。

对于已经退回公安机关二次补充侦查的案件，人民检察院对在审查起诉中又发现新的犯罪事实的，根据《高检规则》第270、280条规定，应当移送公安机关立案侦查;对已经查清的犯罪事实，应当依法提起公诉。

3、发现遗漏同案犯罪嫌疑人的

《高检规则》第280条规定，人民检察院在办理公安机关移送起诉的案件中，发现遗漏依法应当移送审查起诉同案犯罪嫌疑人的，应当建议公安机关补充移送审查起诉;对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的，人民检察院也可以直接提起公诉。

例如，某市检察院在审查甲杀人案中，发现遗漏了依法应当移送审查起诉的同案犯罪嫌疑人乙。对此，检察院的处理应当是：应当建议公安机关对乙补充移送审查起诉;如果符合起诉条件，可以直接将甲与乙一并提起公诉。当然，如果符合逮捕条件，还可以直接决定逮捕乙。《高检规则》第260条的规定，审查起诉部门经审查认为需要逮捕犯罪嫌疑人的，应当参照审查决定逮捕的规定移送审查逮捕部门办理。

4.犯罪嫌疑人逃跑或者丧失诉讼行为能力的

《高检规则》第273条规定，在审查起诉过程中犯罪嫌疑人潜逃或者患有精神病及其他严重疾病不能接受讯问，丧失诉讼行为能力的，人民检察院可以中止审查。共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人潜逃的，对潜逃犯罪嫌疑人可以中止审查;对其他犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。中止审查应当由办案人员提出意见，部门负责人审核，报请检察长决定。

例如，某检察院对陈某、姚某共同诈骗一案审查起诉时，陈某潜逃。检察院的正确做法是：对陈某中止审查起诉，对姚某继续审查起诉。