办理程序如下：

1、土地登记申请书。

2、土地使用权利人身份证或户口册复印件。

3、土地使用的权属证明材料(政府行文)。

4、初始登记颁发的土地证书。

5、建设用地批准书(土地违法案件行政处罚决定书)。

6、批准用地缴税费发票或罚款收据复印件申请者提交以上资料后，国土资源所派员进行地籍权属调查，符合规定的在20个工作日内给予办理并报县级人民政府审查批准，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。

一、土地使用证的查询方法：

1、到当地国土部门查询，要注意看证书是否办理出让。现在的出让金标准较高。国土资源部发过一个文，自然人可是凭自己的身份证查询土地宗地的登记情况。

2、系国有土地使用证上载明的土地使用权人，本人持有效身份证件当地国土资源部门办证中心，申请调阅国有土地使用权证。

二、土地使用证的补办方法：

1、到国土所去查档案，找到档案之后登报挂失，声明以前的土地使用证作废。

2、挂失到期后由国土所派人去重新丈量，土地面积、填表、画图。

3、有一张地籍法人身份证明，需村委会主任签字、和他的身份证复印件一张；本人身份证复印件一张、邻居的签字、身份证复印件各一张。

4、再就是等待国土所的人拿市局去审批，最后发证、这一切是不收费。

三、土地使用证的转让费用：

1、土地收益金，是指土地使用者将其所使用的土地使用权转让(含连同地面建筑物一同转让)给第三者时，就其转让土地交易额按规定比例向财政部门缴纳的价款；或土地使用者将其所使用的土地使用权出租给其他使用者时，就其所获得的租金收入按规定比例向财政部门缴纳的价款。

2、土地出让金，是指各级政府土地管理部门将土地使用权出让给土地使用者，按规定向受让人收取的土地出让的全部价款(指土地出让的交易总额)；或土地使用期满，土地使用者需要续期而向土地管理部门缴纳的续期土地出让价款。

3、土地增值税，是指转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，以转让所取得的收入包括货币收入、实物收入和其他收入为计税依据向国家缴纳的一种税赋，不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为。

4、土地使用税，是指在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，依照规定由土地所在地的税务机关征收的一种税赋。

5、土地开发费，是指每公顷居住区用地开发所需的前期工程的测算投资，包括征地、拆迁、各种补偿、平整土地、敷设外部市政管线设施和道路工程等各项费用。