依据我国相关法律的规定，小产权房的所有人如果通过法院判决，合法取得土地使用权的，就可以通过法院对小产权房进行确权。

《土地权属争议调查处理办法》

第十条申请调查处理土地权属争议的，应当符合下列条件：

(一)申请人与争议的土地有直接利害关系；

(二)有明确的请求处理对象、具体的处理请求和事实根据。

第三十一条当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法行申请政复议或者提起行政诉讼。

在规定的时间内，当事人既不申请政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。

一、小产权房拆除如何赔偿

小产权房的土地是属于农村集体土地，中华人民共和国宪法规定任何个人和集体组织不得进行土地买卖，或者擅自更改土地使用性质，而非法的城中村土地改造不是通过国家正规的土地使用权出让获得，而是向拥有该土地的村委会租来的，如果国家想征用这块土地另作它用，则拆除补偿的对象则为村委会的村民，对于购买了该房子的业主的赔偿到底怎么处理目前还未有关法律作出规定，不过建议不要购买小产权房。

产权房拆迁怎么赔偿产权房不具备普通商品房的法律性质，在购买过程中出现合同纠纷难以得到等同保护；开发建设过程中缺少监管，其质量问题出现的概率要高过商品房；而因为无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户，对房产价值影响很大；若遇国家拆迁，很难得到相应的拆迁补偿。因此李健告诫市民，不要一味看重小产权房的使用价值和低廉价格，也要多考虑下法律风险和长远预期。从上述可以看出，小产权房买卖是不受法律保护的，因此购买小产权房也不具备相关证书。遇到拆迁，将无法得到补偿。专家提醒市民，没有房产证，小产权房是无法获得补偿的，市民要谨慎购买。

住房和城乡建设部、国土资源部等部门从来就不承认“小产权房”这个概念，严格来说所谓小产权房就是无产权房，我国实行的是不动产产权登记生效制度，这所谓的小产权房是无法办理房产登记备案的，也就拿不到房屋所有权证，也就不能算是当事人合法的财产，也得不到法律应有的保护。按照相关规定，拆迁过程中对违章建筑是无偿拆除的，即使各地出于各方面考虑在实际操作中也会给予一定补偿，但一般是以自行拆除的劳务费的形式或参照建筑成本来适当补偿，但远远低于拆迁合法房屋的补偿。