个人所得税部分是按照扣五险一金后缴纳的部分缴纳的。应纳税所得额发工资－养老保险－医疗保险－住房公积金－失业保险-3500。如果减去五险一金之后，低于3500元，则不需要缴纳个人所得税，如果高于按照相应比例缴纳以总工资5105元为例，五险一金105为例{5105-105-3500}X3%-05元

一、个人所得税是从工资里面扣吗

公司账上给员工发工资个人所得税是直接从工资里扣的，即在发放工资时已经将个人所缴纳的个人所得税直接从工资里扣除发放。工资是先扣除五险一金再扣除个人所得税的，其中社保和公积金是同步扣除，不存在先后顺序，扣完五险一金之后，再减去个人所得税专项扣除项目，剩下的金额如果在5000元以上，就需要扣个人所得税，如果在5000元以下，就免除缴纳个人所得税。

二、住房公积金交多少

缴纳比例。根据《建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》(建金管[2005]5号)的规定，设区城市(主要指地级市)单位和职工缴存比例最低不低于5%，原则上不高于12%(合计缴存比例为10%至24%)，具体标准由各地根据实际情况确定。这即是说，住房公积金缴纳比例只有最低限制，上不封顶。但是，财政部、国家税务总局《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10号)中规定，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和个人超过上述规定比例缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。这就是说，单位为个人缴纳或者个人缴纳比例超过12%的部分，将计入个人的工资、薪金所得，按照规定缴纳个人所得税。比如上海市目前的普通公积金缴存额为职工与企业各交工资总额的7%，如果有补充公积金，比例为工资总额的8%。两项相加，单向缴存的最高额度为15%。如果12%以内的部分可以免征个税，那么超过的3%部分则需要缴纳个人所得税。

需要指出的是，根据《住房公积金管理条例》的规定，对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。

三、5500的工资扣除五险一金和所得税剩余多少

当事人的工资为每月5500元，税费的原则是先费后税，即先缴纳五险一金，再纳个税。五险一金的缴纳，要涉及缴费基数和扣缴比例，由于各地区各用人单位的区别，因此，缴纳比例和金额是不同的，以北京地区为例：养老：8%；基本医疗保险：2%+大额医疗保险3元；失业：0.2%；公积金：12%。计算剩余为4279元。以上地区不同，缴纳的比例也不同，具体金额有变化，具体应按当地实际计算。接下来再交税4279元，减去个税基数3500元，余1279元为应纳税所得额，乘基本税率3%，纳税率为23.37元，余下的4255.63元即为实际工资。