一、提出诉讼时效抗辩又对案件提出抗辩

权利人超过诉讼时效的，侵权人提出诉讼时效已过的，法院审查后发现诉讼时效却已到期的，受理后驳回权利人的相关诉讼请求，过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。

诉讼时效抗辩权本质上是义务人的一项民事权利，义务人是否行使，司法不应过多干预，这是民法意思自治原则的根本要求。当事人一方根据实体法上的诉讼时效抗辩权在诉讼中提起的诉讼时效抗辩是实体权利的抗辩，是需由当事人主张的抗辩，当事人是否主张，属于其自由处分的范畴，司法也不应过多干涉，这是民事诉讼处分原则的应有之意。

因此，遵循上述意思自治原则和处分原则，在义务人不提出诉讼时效抗辩的情形下，人民法院不应主动援引诉讼时效的规定进行裁判，也与法院居中裁判的地位相适应。

侵权人申请抗辩的，法院应予受理，但侵权人没有主动提出抗辩的，法院不得提醒侵权人也不能擅自以诉讼时效过期为由驳回权利人的诉讼请求。

根据相关规定，当事人可以对债权请求权提出诉讼时效抗辩，但对下列债权请求权提出诉讼时效抗辩的，人民法院不予支持：

1、支付存款本金及利息请求权；

2、兑付国债、金融债券以及向不特定对象发行的企业债券本息请求权；

3、基于投资关系产生的缴付出资请求权；

4、其他依法不适用诉讼时效规定的债权请求权。

二、提出诉讼时效抗辩的时间

当事人应当在一审期间提出诉讼时效抗辩。当事人在二审期间提出诉讼时效抗辩，需同时符合两个条件：

一是该证据必须是新的证据，二是该证据能证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间。何谓新的证据根据《民事诉讼证据的若干规定》，

二审程序中的新的证据是指一审庭审结束后新发现的证据，以及当事人在一审举证期限届满前申请人民法院调查取证未获准许，二审法院经审查认为应当准许并依当事人申请调取的证据。

当事人在再审期间提出诉讼时效抗辩或者以诉讼时效期间届满为由申请再审的，人民法院均不予支持。相关知识：新规定列举了四种情形，出现这四种情形之一，应当认定为“当事人一方提出要求”，产生诉讼时效中断的效力。四种情形分别为：

1、当事人一方直接向对方当事人送交主张权利文书，对方当事人在文书上签字、盖章或者虽未签字、盖章但能够以其他方式证明该文书到达对方当事人的；

2、当事人一方以发送信件或数据电文方式主张权利，信件或数据电文到达或者应当到达对方当事人的；

3、当事人一方为金融机构，依照法律规定或者当事人约定从对方当事人账户中扣收欠款本息的；

4、当事人一方下落不明，对方当事人在国家级或下落不明的当事人一方住所地的省级有影响的媒体上刊登具有主张权利内容的公告的，但法律和司法解释另有特别规定，适用其规定。

三、被告提出诉讼时效的抗辩怎么办

法院会首先审查是否超过诉讼时效，经过审查，确实超过诉讼时效的，会判决驳回诉讼请求。

诉讼时效属于民事法律事实中的事件，以权利人不行使权利的事实连续存在作为适用依据，诉讼时效产生的法律后果是消灭了权利人的胜诉权，故区别于以当事人取得民事权利为后果的取得时效和消灭实体为法律后果的除斥期间。

而当被告提出诉讼时效抗辩时，作为债权人的原告对诉讼时效的中止、中断或延长负举证责任，其未提供相关证据证明本案有诉讼时效的中止、中断或延长的事由，即应承担举证不能的法律后果，法院依法不应支持原告的诉讼请求。