一、特殊房屋拆迁纠纷如何处理?

1、房屋拆迁纠纷当事人可以申请由房屋拆迁管理部门裁决，对裁决不服的，可以向人民政府申请行政复议进行解决，裁决后当事人仍不满意，可以向人民法院提起诉讼。

2、法律依据：

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条

房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

二、达成拆迁补偿安置协议后房屋拆迁纠纷的处理方式是怎么样的?

1、房屋拆迁补偿安置协议是约定房屋拆迁当事人之间民事权利和义务关系的合同。拆迁补偿安置协议签订后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，应当通过司法、仲裁途径来解决。

2、如果拆迁当事人之间没有达成仲裁协议的，拆迁人可以向人民法院提起民事诉讼。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。

3、如采取仲裁方式，拆迁当事人必须自愿达成仲裁协议。仲裁协议包括房屋拆迁补偿安置协议中订立的仲裁条款和以其他方式在纠纷前或纠纷后达成的请求仲裁的协议。仲裁委员会的选择由当事人协议确定。仲裁实行“一裁终局制”。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。

4、没有仲裁协议的，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理;当事人达成仲裁协议的，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理。

拆迁人与被拆迁人达成协议后，一方或者双方当事人反悔的，未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当作为民事案件受理。”

三、房屋拆迁纠纷应当如何来进行诉讼?

拆迁补偿安置协议是约定拆迁当事人之间民事权利与义务关系的合同，依法成立的拆迁补偿安置协议，对当事人具有约束力。当事人一方不履行协议或者履行协议不符合约定的，一方当事人可以向法院提起民事诉讼，要求对方当事人承担相应的民事责任。

当事人向人民法院提起民事诉讼有以下两种情形。其一，拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，搬迁期限届满后拆迁人可以依法向人民法院起诉。其二，拆迁人与被拆迁人达成协议后，且拆迁当事人之间没有达成仲裁协议的，一方或者双方当事人反悔的，另一方当事人可以向法院提起民事诉讼。

关于向人民法院提起行政诉讼的问题

一旦拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议，都应当经当事人申请，先由同级拆迁管理部门裁决。只有经行政裁决后，当事人仍不满意的，方可提起行政诉讼。行政裁决是行政诉讼的前置程序。

实施裁决的房屋拆迁管理部门是县级以上地方人民政府房屋拆迁管理部门，房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。裁决的内容是的拆迁补偿安置协议的内容。

任何一方当事人或者与行政裁决有法律上利害关系的公民、法人或其他组织对裁决不服的，都可以自裁决书送达之日起3个月内向人民法院起诉。人民法院根据行政诉讼法及相关司法解释的规定，对行政裁决的事实认定、行政程序、法律适用、有无超越职权和滥用职权等进行全面合法性审查。