在人民检察院的审查起诉阶段，一般审查期限为一个月，重大复杂案件，可以延长15日；如果经审查认为事实不清或者证据不足，可以退回公安机关补充侦查，补充侦查期限为一个月；公安机关经补充侦查再次移送人民检察院审查起诉，审查期限任然为一个月，重大复杂案件，可以延长15日；如果经审查仍然认为事实不清或者证据不足，可以第二次退回公安机关补充侦查，补充侦查期限为一个月；公安机关经补充侦查第三次移送人民检察院审查起诉，审查期限任然为一个月，重大复杂案件，可以延长15日，在此期间，案件必须做出决定，或提起公诉、或不起诉。作为一般案件，人民检察院通常会在一个月内结案，提起公诉。

一、补充侦查的情况

补充侦查，在提起公诉阶段是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送起诉的案件，或者对自行侦查终结的案件，在审查起诉中，发现有事实不清、证据不足或者遗漏了罪行或同案人，需要补充进行有关专门调查等工作的一项诉讼活动。补充侦查的目的在于查清有关事实和证据，以决定是否将犯罪嫌疑人交付人民法院审判。根据《刑事诉讼法》第140条第2款的规定，补充侦查有两种形式：一种是由人民检察院退回侦查机关进行。这种形式一般适用于主要犯罪事实不清、证据不足，或者遗漏了重要犯罪事实及应追究刑事责任的同案犯的案件。人民检察院对需要退回补充侦查的案件，应当制作《退回补充侦查决定书》，写明退查的理由和需要补充查明的具体事项及要求。另一种是由人民检察院自行侦查。这种方式一般适用于只有某些次要的犯罪事实、情节不清，证据不足，侦查机关侦查活动中有违法情况，在认定事实和证据上与侦查机关有较大分歧或者已经退查过但仍未查清的案件。自侦案件需要补充侦查的，人民检察院审查起诉部门应将案件退回本院侦查部门。

人民检察院在补充侦查中，对各种证据有疑问的都要进行重新收集或鉴定。比如人民检察院对鉴定结论有疑问或依照当事人的请求，应当自行对犯罪嫌疑人或被害人进行医学鉴定，必要时可以聘请医学机构或专门鉴定机构有鉴定资格的人员参加。人民检察院对物证、书证、视听资料、勘验、检查笔录存在疑问的，应当要求办案人员提供物证、书证、视听资料、勘验、检查笔录获取、制作的有关情况，必要时应当重新收集和制作，对物证、书证、视听资料可以进行鉴定。对证人证言有疑问的，也应当重新进行询问。

根据《刑事诉讼法》第140条第3款的规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以两次为限。这一规定是为了防止拖延结案时间，避免对犯罪嫌疑人超期羁押、久押不决的情况，有利于保护犯罪嫌疑人的合法权益，督促侦查机关的侦查工作。

退回补充侦查的案件，如果在主要事实或证据上发生了重大变化，侦查机关就应当重新制作起诉意见书；如果只是在个别情节上补充了有关材料，可以书面意见的形式移送人民检察院；如果认为应当撤销案件的，应将决定通知人民检察院。