1、分公司不具备独立法人资格，其所有对外的债权债务均应由总公司承担。但一般分公司都是相对独立开展业务，在注销时应由总公司对其进行清算，并接收其资产、债权和未了结的债务。通过清算形成清算报表，确认盈亏，并报当地主管税务机关认可，总公司据此作相应的账务处理。

2、总公司按合并报表的方式，以其净资产（亏损额）与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。

3、在确认亏损时涉及总、分公司的所得税问题，应多与税务联系（特别是总公司）

一、分公司注销流程是怎样的

1、公司撤销或者公司决定撤销分公司的，应当自撤销决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。

2、注销国、地税税务登记证，需要国、地税税务登记证、所有国、地税有关材料和备案公章。

3、自做出注销决定之日起15日内成立清算组，公司备案申请表（公司清算组负责人签署）、指定代表或者共同委托代理人的证明（加盖公司公章）、股东会关于成立清算组的决议（全体股东签署）喝公司营业执照副本复印件。

4、清算组自成立之日起10日内通知债权人，保障债权人的合法债务得到履行。

5、刊登注销公告，于60日内在报纸上至少公告三次。

6、清偿分公司债务，到税务部门办理完税证明。

7、填写注销登记申请书，提交登记文件、证件，按约定日期领取核准通知书，注销基本账户，包括公司营业执照正本（有些银行要工商、代码、国税、地税全套证件）、开户许可证、印鉴卡、印鉴卡上预留印鉴、支票本、电汇凭证等银行相关材料和销户申请书。

二、分公司注销需要备案吗

1、分公司注销需要备案，分支机构注销税务登记后15日内，总机构应将分支机构注销情况报所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。准备注销登记的相关材料，由所属公司做出决定并签署。材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明“与原件一致”并由公司加盖公章。材料准备完成后，向工商登记机关提交，如果材料符合规定，则注销登记在2个工作日内就可以完成。