有效。公司合同专用章与公司公章在同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：

第一：是因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。第一、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。

第二：用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。

所以只有合同专用章的合同是有效合同专用章、行政章等都能作为合同章，所以合同是有效的。

《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。

法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。

一、借款合同可盖合同专用章吗

1、可以。

2、在合同上加盖合同专用章是指合同当事人经过协商，在达成的书面合同上各自加盖本公司的合同专用印章的行为。

3、公司合同专用章的法律意义：对合同当事人而言，合同上加盖合同专用章，表明双方当事人对订立合同的要约、承诺阶段的完成和对双方权利、义务的最终确认，从而确定了合同经当事人双方协商而成立，并对当事人双方发生了法律效力，当事人应当基于合同的约定行使权利、履行义务。

二、合同专用章丢失了怎么办

1、公司合同章弄丢了需要登报声明作废，然后重新办理刻章手续。重新办理刻章手续的流程：

2、公章被抢、被盗或者因其他原因丢失的，应当立即向原办理刻制公章材料核实的公安部门如实报告，并在所在地设区的市以上公开发行的报纸上声明原公章作废；

3、需要重新刻制的，凭作废声明按照本办法第七条的规定办理刻制手续。

4、需要刻制公章的单位或者机构，应当将单位或者机构设立的批准文件、登记证书和要求刻制公章的证明，以及载明公章的名称、形状、规格尺度、材质、使用的文字和字体、排列的方法及其顺序等内容的材料，报所在地县级以上人民政府公安部门，经公安部门对上述材料以及是否已刻公章等情况核实并将信息录入印章治安管理信息系统，由该单位或者机构委托的公章刻制经营单位刻制。