1、由债权人向法院申请宣告债务人为失踪人，然后由代管人从失踪人的财产中支付借款。

公民下落不明满两年的，利害关系可以向人民法院申请宣告他为失踪人。

失踪人的财产由他的配偶、父母、成年人或者关系密切的其他亲属、朋友代管。失踪人所欠税款、债务和应付的其他费用，由代管人从失踪人的财产中支付。

2、债权人在诉讼时效期限内，可直接向债务人原居住地或者财产所在地的人民法院提起诉讼，追讨债款。

起诉时应持有借据等证明借贷关系存在的证据。由于债务人下落不明，法院在立案后一般采用公告送达的形式传唤债务人应诉。

公告期届满，债务人不应诉时，法院即对借贷人关系明确的案件经审理后作缺席判决。缺席判决后，尽管债务人下落不明，但经债权人申请，法院可以采取拍卖债务人房屋或财产的办法为债权人清偿债务。

3、法律依据：《民法典》第四十条【宣告失踪的条件】自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。

一、民间借贷诉讼时效

诉讼时效是指民事权利人经过法定期限不行使自己的权利，依法律规定其胜诉权便归于消灭的制度。一般权利人向法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为两年(法律另有规定的除外)。超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。

民间借贷适用普通诉讼时效，即诉讼时效期间为三年，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。

1、约定分期还款的约定同一借款分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。

2、约定一次性还款的。约定借款到期一次性还款的，诉讼时效期间从约定的还款期限届满之日起计算。

3、未约定还款期限的。未约定还款期限的，诉讼时效期间从出借人要求借款人履行义务的宽限期届满之日起计算，但借款人在出借人第一次向其主张权利之时明确表示不履行义务的，诉讼时效期间从借款人明确表示不履行义务之日起计算。

二、遇到债务人转移财产怎么办

1、因债务人放弃其到期债权或者无偿转让财产，对债权人造成损害的，债权人可以请求人民法院撤销债务人的行为。债务人以明显不合理的低价转让财产，对债权人造成损害，并且受让人知道该情形的，债权人也可以请求人民法院撤销债务人的行为。

2、债务人放弃其未到期的债权或者放弃债权担保，或者恶意延长到期债权的履行期，对债权人造成损害，债权人依照《民法典》的规定提起撤销权诉讼的，人民法院应当支持。债务人有下列情形之一，对债权人造成损害的，债权人可通过行使撤销权，保障其债权的实现：

(1)债务人放弃其未到期或到期债权；

(2)债务人放弃债权担保；

(3)债务人恶意延长到期债权的履行期；

(4)债务人无偿转让财产；

(5)债务人以明显不合理的低价转让财产，并且受让人知道该情形的；

(6)债务人以明显不合理的高价收购他人财产，并且转让人知道该情形的。

3、明显不合理的低价或明显不合理的高价，根据交易当地一般经营者的判断，并参考交易当时交易地物价部门指导价或者市场交易价，结合其他相关因素综合考虑予以确认。转让价格达不到交易时交易地的指导价或者市场交易价百分之七十的，一般可以视为明显不合理的低价；对转让价格高于当地指导价或者市场交易价百分之三十的，一般可以视为明显不合理的高价。