一、实际借款金额与合同金额不符时如何进行还款

借款合同约定金额和实际金额不一致的情况下，两种处理方式：

1．如果是出借方预先扣除利息等后将余额交付的，以实际收到的款项作为借款本金。

2．如果不涉及前条情况，是出借方没有按约足额交付借款的，可以要求出借方交付剩余款项，实际计息仍以实际收到借款本金金额为准计算。

法律依据：

《民法典》第六百七十条

借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。

二、民间借贷纠纷案件证明文件有哪些

民间借贷纠纷案件证明文件如下：

1．身份证明资料，如身份证或户口本等。

2．证明双方存在借贷关系书面证据，如借条、欠条、借款合同、收据、还款计划书、还款承诺书等债权凭证。

3．银行转账记录、微信转账、支付宝转账等交付借款的凭证。

4．有担保人的，应提供担保合同等证明担保事实存在的证据。

5．还款催收通知书、催收短信、催收电话录音。

6．债务人出具的还款计划或者还款承诺书。

三、民间借贷纠纷的诉讼时效

法律规定的民间借贷诉讼的诉讼时效是三年，从权利人知道或者应当知道其权利受到损害及义务人之日起计算，但是权利损害超过二十年的，人民法院也不再保护，有特殊情况的，可以申请延长。

《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《中华人民共和国民法典》：第九章　诉讼时效　　第一百八十八条　向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。\n　　诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。