根据违章行为性质而定；如果应当扣分，不会因车辆性质是摩托车而不扣。

摩托车和小型客车一样都是机动车，无论是骑摩托车违法还是开小车违法，都是扣驾驶人的分。一个驾驶人只能有一本驾驶证，记分总分只有12分。

一、驾驶证扣分扣满12分怎么办

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》第68条之规定：机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。机动车驾驶人应当在15日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期7日的道路交通安全法规和相关的知识学习。机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在20日内对其进行道路交通安全法规和相关知识的考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。需要注意的是，如果在一个记分周期扣分不满12分的，只要把罚款交了即可，不用怎样进行处理。下一记分周期将上一记分周期的分数全部清零。

二、违章扣分的处理流程是什么

违章扣分的处理流程是：

1、如果违规没有扣分，可以直接去银行自助支付机或者网上缴纳罚款，也可以在支付宝缴纳罚款；

2、如果有扣分，必须到交警队确认违章扣分后才能缴纳罚款；

3、车主缴纳罚款后，交警队和银行每周进行数据交互，一周左右的违章记录会显示已处理。

法律规定，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。

三、驾驶证什么时候恢复12分

驾驶证每年自动恢复12分的时间为12个月。具体日期按照初次领取证件的日期开始推算，如果一个记分周期内未扣满12分并已经处理完毕违章记录的，记分就会清除恢复12分。

一、驾驶证有效期分为六年、十年和长期，分析如下：

1、机动车驾驶人在机动车驾驶证的六年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发十年有效期的机动车驾驶证；

2、在机动车驾驶证的十年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发长期有效的机动车驾驶证。

二、驾驶证办理的条件限制具体如下：

1、申请小型汽车、小型自动挡汽车、残疾人专用小型自动挡载客汽车、轻便摩托车准驾车型的，在18周岁以上、70周岁以下；

2、应当符合相关的身体限制规定，报名时应当提交身体条件证明。

总之，驾驶证在扣分后，到第二个周期时间就可以恢复。记分周期为12个月。驾驶员理应在十五日内，到机动车辆驾照签发地，或是违纪行为地公安部门道路交通一部分，报名参加历时七日的公路交通安全性法律法规、政策法规和有关专业知识学习培训。