上海市第二中级人民法院在（2013）沪二中民四（商）终字第733号案件中认为：“公司章程作为对公司重要和基本问题作出明确规定的公众法律文件，对公司股东以外的债权人以及其他社会公众而言是其赖以了解公司的基本依据，但对股东之间来说，公司章程仅是股东之间的一种契约，股东可以通过其他合意且在不违反强制性规定的情况下进一步明确各自的权利义务，甚至否定公司章程的约定，故在股东之间应以股东的真实意思合意为准。”

一、对内适用效力

公司章程和股东协议并非简单的取代关系，两者通常情况下是一种并行的关系。用于调整股东间内部权利义务关系的股东协议和公司章程，当两者在约定上产生冲突时，我们认为应当探究股东真实意思表示，而非简单的以取代关系来判定适用效力问题。

为避免不必要之争议，建议股东间如通过协议作出与公司章程不一致内容时，在协议中注明“本协议书自股东各方签章之日起生效，不因目标公司章程的签署而被取代或变更；公司章程条款与本协议内容约定不一致的，以本协议为准”。

二、对外适用效力

对外而言，公司章程作为对公司最为重要和基本问题作出明确规定的公众性法律文件，是公司股东以外包括债权人以及其他社会公众是其赖以了解公司的基本依据。

由于股东协议并非工商登记必备文件，因此无须经过对外公示程序，所以股东协议并不具有“对外”效力。在处理股东与第三人之间事项时，理应依据经过登记公示的公司章程相关规定来加以判断。这是商事外观主义和第三人信赖利益的必然要求和充分体现。

股东协议与公司章程的效力孰优孰劣不能一概而论，因两者的调整范围并不相同。我们认为，在“你有我无”的情形之下，公司章程与股东协议并不会存在冲突的问题；只有在两者均有约定时，才会产生冲突问题。在确定两者的效力适用规则时，应以“内外有别”作为判别标准：在处理股东间权责问题时，如公司章程无相反规定，则应适用股东协议相关约定；在公司章程亦有规定时，应当根据实际情况进行区分，判别股东“真实意思表示”。在处理股东出资等带有“对外”性质事项时，应当优先考虑适用公司章程相关规定。在公司章程规定不明或是无相关规定时，股东协议相关约定可以作为补充适用。