我国相关法律规定，属于农民集体所有的农村土地由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理。国家实行土地用途管制制度，通过国家编制的土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。

但在农地利用实践中，由于缺乏对农地所有权的明晰界定，农村土地名义上归农民所有但很大程度上受国家掌控的格局延续至今。模糊的农地产权不但影响地方政府和农民双方对农村土地整备的合理投入，也导致地方政府和农民双方对农村土地权益的不同理解和各取所需，这些因素成为现行农村土地制度的重大缺陷。

第一，地方政府缺乏对于农村土地的保护动力。

农业的低产出和工商业、房地产业的高产出的反差，使得许多地方政府为发展地方经济而热衷于征用农地;何况，通过招商引资、发展工商业和房地产业，可以较快地创造GDP政绩。由于农村土地不是国家所有，且监管、利用的直接责任主要在地方，因此中央政府难以遏制地方政府违法用地的势头。中国《1997~2010年土地利用总体规划》中要求耕地保有量为1.28亿公顷，但规划批准实施才一年，到全国就有19个省、市、自治区的耕地少于规划保有量，提前10年用完了规划指标。而且在实际操作中，低品质的耕地占补或虚假的耕地占补频繁发生。出于历史和地域原因，基本农田保护的任务大多落在经济相对落后的地区，这可能进一步拉大地区间的发展差距。

第二，围绕农地利用形成了巨大的“寻租”空间。

由于农村土地的实际所有者模糊不清，且征地一补偿操作的自由裁量空间甚大，管辖农村土地的地方官员，于是有了上下其手、借机寻租的广阔空间。仅以一个省的局部数据为例：仅江西省检察机关立案查处的涉农贪污贿赂犯罪案件就有697件867人，其中，为210件268人，为5年来最多。在10种涉农犯罪领域，跟“土地城建”直接相关的约占50%，而在其余林业、水利、民政社保、交通等犯罪领域中发生的案件，也有相当一部分实际上与土地制度相关。

第三，农村土地集体所有者的越轨用地。

作为农村土地的集体所有权人，承包土地的农民和集体土地所有权代理人村委会往往自认为具有对本村土地的主要处置权，因而各地农民自行扩大宅基地、违法出租农用地等事件频频发生。这类土地违法所涉土地面积不大但发生数量不少。对这类违法行为，政府的土地监察缺乏法定的强制措施，只能责令停止，希望改正。此外，随着意识到农地转作非农使用时存在着巨大的增值空间，近年来一些农民对于农地征用中服从“公共利益”和维护自身利益有了与以往不同的理解。这种理解除了可能抵制地方政府的不当农地征用外，也可能造成罔顾公共利益的大幅度坐地起价。

于是，很大程度上靠中央行政命令方式推行的基本农田保护，一方面促成了农地资源的稀缺性与农地收益的贫瘠性二者共生的制度奇观;另一方面衍生了违法用地官员、农民赖以致富与守法经营农地的农民难以脱贫两种现象并存的严峻后果。