根据财税2009年59号文的规定，企业分立所得税的处理分为一般性处理和特殊性处理两种，其中一般性处理为规范性处理，特殊性处理为优惠政策。不符合条件或者虽符合条件但未选择特殊性税务处理的公司分立只能适用一般性税务处理。

一、公司分立所得税一般性处理

财税59号文将公司分立所得税一般性处理的规则概括为：

1、被分立企业对分立出去资产应按公允价值确认资产转让所得或损失。

2、分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础。

3、被分立企业继续存在时，其股东取得的对价应视同被分立企业分配进行处理。

4、被分立企业不再继续存在时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理。

5、企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。

上述规则实际是将存续公司（存续分立）或者解散公司（新设分立）向新设公司分割资产和负债的行为，在所得税的处理上视同资产和负债的转让行为，其中被分立公司为资产和负债的转让方，要确认转让所得，新设公司为资产和负债的受让方，要按照转让价格确认资产和负债计税成本。比如：甲公司和乙公司是A公司的股东，各持股50%，对A公司进行分立，A公司存续，甲持股100%，新设B公司，乙持股100%。A公司资产总值（净值）3000万元，负债1500万元，股东权益1500万元，在评估的基础上资产估值5000万元，负债估值1500万元，企业估值3500万元。如此分割给B公司的评估净资产额应当为1750万元。经协商甲乙同意将公司分立基准日净值为1000万元，评估值为2000万元的一处房产和250万元的负债分割给B公司。

在上例中如果适用所得税的一般性处理，被分立的A公司就需要确认1000万元的收益，并入主营业务计缴企业所得税，因为它将计税成本为1000万元的资产作价2000万元出让了。

从上例中我们可以得出如下结论，在公司分立适用所得一般性处理的情况下：

1）只要分立作价有增值，就可能使被分立公司发生所得税的纳税义务；

2）但对受让资产的新设公司有利，会减少它的所得税纳税义务（因折旧额会增加）；

3）存续分立比新设分立会节约所得税（上例如果采取新设分立，A公司因分立发生的收益就会增加至2000万元）。

二、公司分立所得税特殊性处理

财税59号文将公司分立所得税特殊性处理的规则概括为：

1、分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础确定。

2、被分立企业已分立出去资产相应的所得税事项由分立企业承继。

3、被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。

4、被分立企业的股东取得分立企业的股权（以下简称新股），如需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权（以下简称旧股），新股的计税基础应以放弃旧股的计税基础确定。如不需放弃旧股，则其取得新股的计税基础可从以下两种方法中选择确定：直接将新股的计税基础确定为零；或者以被分立企业分立出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例先调减原持有的旧股的计税基础，再将调减的计税基础平均分配到新股上。

上述规则实际是将存续公司（存续分立）或者解散公司（新设分立）将资产和负债分割给新设公司的行为，在所得税处理上视为非等价交换的转移行为。虽然分立作价仍需要遵循公允作价和等价交换的原则，但被分立的公司勿需为分立作价的增值而确认收益，从而纳税义务得到递延。比如：甲公司和乙公司是A公司的股东，各持股50%，对A公司进行分立，A公司存续，甲乙仍各持股50%，新设B公司，甲乙也是各持股50%。A公司资产总值（净值）3000万元，负债1500万元，股东权益1500万元，在评估的基础上资产估值5000万元，负债估值1500万元，企业估值3500万元。如此分割给B公司的评估净资产额应当为1750万元。经协商甲乙决定将公司分立基准日净值为1000万元，评估值为2000万元的一处房产和250万元的负债分割给B公司。

在适用所得税的特殊性处理的情况下，被分立的A公司就不需要确认1000万元的分立收益，也不会就此承担所得税的纳税义务，因为它将计税成本为1000万元的资产虽然以分立作价2000万元的价格出让了，但它可以只确认1000万元。

从上我们可以得出这样的结论，在公司分立适用所得税特殊性处理的情况下：

1）存续公司和解散公司会递延自己的所得税纳税义务；

2）但新设公司会因其资产计税成本降低而使折旧减少，从而将存续或者解散公司节约的所得税给补足。