加拿大军队于1997年设立首席军事法官办公室，它是管理军事法官及配置军事审判资源的具有独立编制的专门机构，其经费从政府预算中单独支出。该办公室主要由首席军事法官、军事法官、军事法庭行政长官、军事法庭行政次官、军职及文职法庭书记员组成。

首席军事法官由总督会同枢密院从军事法官中选任，全面负责办公室工作，可指派军事法官主持临时召集设立的军事法庭以及履行其他军事司法职务，可独立调配与使用技术、财力及人力资源，并可获得军事行政当局的支援。

军事法官是首席军事法官办公室的主要成员，其任务是根据首席军事法官的指派，在军事法庭中担任审判法官，具体负责军事犯罪案件的审理与裁判工作。此外，军事法官还承担其他的诉讼任务，如对被告人的审前羁押进行复核等。军事法官实行职务任期制，每届任期4年，由总督会同枢密院从军官中选任，该军官必须是在省律师协会至少有10年执业资历的大律师或律师，军事法官可以连选连任。上世纪90年代以来，为适应司法独立的要求，加拿大政府采取了两项措施以保证军事法官独立行使军事审判权。一是加拿大最高法院以判例的形式，确立了军事法官独立于军事指挥序列的原则。二是1998年修订的《加拿大国防法》为军事法官履行职责提供了法律保障。《加拿大国防法》规定，军事法官在任期内，除非本人要求辞职，或者总督会同枢密院根据专门调查委员会作出的免职建议而免除其职务外，不得被免职或革职。

军事法庭行政长官在首席军事法官的全面监督下开展工作，负责首席军事法官办公室的行政事务工作，享有各类军事法庭的召集权，在召集高级军事法庭和军纪法庭时，还有权任命法庭组成人员，并且负责向需要出庭作证的证人送达传票。军事法庭行政次官由行政长官任命，并根据行政长官的授权协助其工作。

法庭书记员主要从事与军事法庭庭审活动有关的行政工作，并制作军事法庭的庭审记录。法庭书记员必须具有不偏不倚的职业素质，保持缄默的职业习惯，擅长速记的职业技能。

首席军事法官办公室的工作范围不限于国内，该办公室还设有电子网络法庭，其审判权可延伸至加拿大驻扎在海外的各个部队，从而建立起了加拿大军事审判的全球互联网络。