(一)过程控制

过程控制旨在确保只有经过正确授权的指令才予以执行，要求对预算支出的每一过程都要进行有效的控制和监督。预算执行过程中最基本的控制环节有：

1、在承诺阶段，需要核实：

(1)支出计划是否由法定批准人批准;

(2)资金是否按照预算规定的用途拨付，且在适当的支出类型中保留足够的资金;

(3)拨付的资金是否列入正确的科目。

2、当提供了商品和服务后，必须核实：是否已收到有关商品和已提供某项服务的有关单据证明。

3、在支付之前，需确认：

(1)是否存在有效的支出义务;

(2)有关专业人员证明所提供的商品和所收到的服务是否满足预期标准;

(3)发票和其他有关支付票据是否是正确的或适合支付的;

(4)验明收款人。

4、在最终支付之后，需对所有相关支出进行检查和复审，对不规范之处应予汇报。

总体上，在任何机构之内，在授权支出、批准合同和发出购买的指令、确认收到的商品和服务、履行支付等方面都必须有明确的职责分工。其中，一些职责可以由同一人或同一部门担负。但是，在大多数情况下，同一人或同一部门不应既负责支付，又负责其他活动或控制支出。这种安排实际就是内部牵制原则的体现。

政府部门之间这些职责的分工支配着支出单位和核心部门(财政部门、财务控制部门)之间的职权分配。在不同的国家，这种控制可以是相关各部门的内部控制，也可以由综合管理部门如财政部门、财务控制办公室来完成。

(二)会计控制

许多国家的预算体系都是通过会计控制来确保遵照执行的。有效的会计控制，应保证清晰地记录预算支出和拨款或预算项目间的变化(如，分摊、调查、预算追加等)。

无论会计基础如何，会计控制都应做到：

(1)会计记录必须要有足够而合理的程序，包括对收付事项进行系统的登记、足够的安全系统以及与银行账目的核对系统等;

(2)所有的支出与收入事项都应该按照相同的方法登记到相应的账户中;

(3)按照经济种类和职能作用对支出进行一般划分;

(4)会计记录必须明晰，文件程序必须完备;

(5)会计报表的编制必须规范;

(6)跟踪支出周期(立项、审批和支付)每个阶段的拨款使用(预算会计)系统等。