电子商务的迅猛发展为国际税收提出了新课题，一方面，由于电子商务代替传统的贸易方式，纳税环节、纳税地点、国际税收管辖权等遇到了新情况;另一方面，传统的税收理论、税收原则也受到了不同程度的冲击。

1.导致国际税收管辖权产生冲突。

来源地税收管辖权和居民(公民)税收管辖权的冲突是电子商务课税的核心问题。我们知道，大多数国家都并行来源地税收管辖权和居民(公民)税收管辖权，就本国居民的全球所得以及本国非居民来源于本国的所得课税。由此引起的国际重复征税通常以双边税收协定的方式来免除，也就是说，通过签订双边税收协定，规定居住国有责任对于国外的、已被来源国课税的所得给予抵免或免税待遇，从而减轻或减除国际重复课税。但是，电子商务的发展必将弱化来源地税收管辖权，这方面的例子很多，比如，通过互相合作的网址来提供修理或维修服务;甚至医疗诊断服务也可能通过因特网由千里以外的医生来提供。国际电子商务使得各国对所得来源地的判定发生了争议。这促使美国财政部在报告中认为居住地税收管辖权较来源地税收管辖权为优，倾向于加强居民(公民)税收管辖权而不是来源地税收管辖权。

但是，居民(公民)税收管辖权也面临自身独特的挑战。虽然居民身份通常以公司的注册地标准判定，但是许多国家还坚持以管理和控制地标准来判定居民身份。大多国家的公司税法都已允许外国公民担任本国公司的董事，还允许董事会在居住国以外的国家召开。诸如电视会议等技术的广泛使用，使得以下情况成为可能：管理和控制中心可能存在于多个国家，也可能不存在于任何国家，这使得居民(公民)税收管辖权也形同虚设。随着电子商务的发展，公司更容易凭需要选择交易的发生地。这将造成交易活动普遍转移到税收管辖权较弱的地区进行。实际上，一系列国家避税地已采取措施促使自身成为建立网络服务的理想基地，甚至还开展了推销自身电子商务硬件设施的宣传活动。

2.混淆所得的性质。

世界上大多数国家的税法对有形商品的销售、劳务的提供和无形财产的使用，都作了区分，并且制定了不同的课税规定。例如，对销售商品的课税可能取决于商品所有权在何地转移或销售合同在何地商议并签订;对劳务的课税取决于劳务的实际提供地。但是，电子商务将原先以有形形式提供的商品转变为以数字形式提供。原来需要通过购买书籍、报纸等载体才能获得的信息现在可以通过电子商务直接取得。政府对这种以数字形式提供的数据和信息应视为提供服务所得，还是销售商品所得就很难判定，必然引起税收上的一系列争议。

比如，原先通过购买国外报纸而获得信息的顾客可以通过上网服务获得相同的信息。税收中性原则在这里又应如何体现呢?传统销售渠道下，信息来源国政府能从报纸的销售中取得税收收入，但现在信息来源国政府却不能对网上销售征税取得税收收入。如果仍将网上销售视同销售产品，那么这种销售是在未使用来源国任何公共设施的情况下取得收入的，此时能说外国商人逃避了税收吗?也许将网上销售视为提供劳务更能体现税收中性，但是，又该如何判断劳务的提供地呢?电子商务打破了劳务的提供地与消费地间的传统联系，虽然劳务的消费地在本国，但劳务的提供地并不在本国，这同样也限制了将网上销售视为劳务征税。

3.难以确定常设机构。

“常设机构”是一个企业进行全部或部分经营活动的固定营业场所。按传统观念，常设机构的设立通常涉及人和物两方面的存在。但是，电子商务使得非居民能够通过设在来源国服务器上的网址来进行销售活动，此时该非居民拥有常设机构吗?如果该网址不用来推销、宣传产品和劳务，它是否就能被认定为非常设机构而得到免税待遇呢?

即使上述问题都解决了，常设机构概念似乎也不能为来源国税收管辖权提供足够的保证。因为，一旦由于某设备的存在而被认定为常设机构从而需纳税，那么该设备马上就会搬迁到境外。另外，如果顾客从销售商的网址中输录数据和信息，这会引起常设机构的认定吗?按照现行国际税收协定的解释，这似乎应该被认定为常设机构，但是，如果通过设立销售机构来销售与通过网址销售，从税收角度看，其效果是一样的，那么税收中性原则又该如何体现呢?因为税收中性要求不同销售方式引起的税收结果是不一致的，这才不会扭曲各种销售方式间的关系。电子商务引起的关于常设机构的争论，除上述问题外，还涉及有关代理商的特殊争议。