有效。其实民事合同中的滞纳金在法律上不应称之为滞纳金，由于民间法律意识淡薄，大家都叫它滞纳金，其实法律上而是称它为违约金。1、当事人在协议中约定了滞纳金可以视为违约金。违约金是指合同当事人违反合同应当向对方支付约定的或法律规定的一定数额的金钱。2、约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。3、当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。因此，合同中约定违约金是合法的，但是约定的违约金数额过分高的话，可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。

一、土地流转合同违约金标准是什么

土地流转合同违约金标准是多少在法律上是没有统一规定的，要由双方协商来认定，根据《民法典》第五百八十五条

当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

二、滞纳金和违约金的区别是什么

1、滞纳金和违约金存在重要区别，他们分别属于两个不同的法律概念。滞纳金属行政法律体系中的概念，是因行政管理相对人违反法律规定的缴费义务（如税费、工商管理费等），由国家行政管理部门依法向行政管理相对人采取的一种惩罚性措施，具有国家强制性，发生在不平等的行政关系主体之间；违约金属民事法律体系中的概念，是因违反合同约定、向对方支付的具有赔偿性的金钱给付义务，发生在平等民事关系主体之间。

2、违约金就是损失赔偿。我国《民法典》规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。