发起人协议与公司章程记载的股权不一致的，原则上应当以公司章程为依据。《中华人民共和国公司法》规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。

一、股东合作协议和公司章程区别

第一，法定性不一样。公司章程依法是必须制定的，而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。

第二，约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力，而章程则是对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力，两个文件约束的对象不一样，似乎公司章程更为宽泛一些，即便是没有参与制定的公司、董事、监事、高级管理人员也是需要受到它的约束的。

第三，隐私保护程度不同。股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性，对于股东之间的隐私具有很强的保护性。即便是存在股权代持的问题，实际投资人之间签署了股东合伙协议，但是在公司章程里面备案的股东姓名、名称以及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者，可以由他人作为名义股东，成为实际出资人的股权的代持人。

二、分公司章程效力与公司总章程一致吗

分公司章程效力与公司总章程一致。根据《中华人民共和国公司法》的规定：设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。

1、公司章程对公司有效。公司章程对公司的有效性在于公司自身的行为受公司章程的约束；

2、公司章程对股东的影响。公司章程由公司股东制定，对股东具有约束力。这种约束力不仅限于起草和制定公司章程的股东，也限于后来加入公司的股东，这是由公司章程的自治规则性质决定的。公司章程对股东的效力主要表现在股东按照章程享有权利和义务；

3、公司章程对董事、监事和高级管理人员有效。公司章程对董事、监事、高级管理人员的有效性表明，公司董事、监事、高级管理人员应当遵守公司章程，依照法律、章程行使职权。董事、监事、高级管理人员的行为超出公司章程赋予的职权范围的，应当对公司的行为负责。