第一，按权利人因被侵权所受到的损失计算。权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。

第二，按侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿数额。侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。

第三，被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额；没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。

一、专利申请流程

1、准备申请文件。

2、向专利局递交专利申请。

3、专利局收到专利申请之后进行审查，如果符合受理条件，专利局将确定申请日，给予申请号。

4、发明专利申请从发出初审合格通知书起进入公布阶段。

5、实质审查中未发现驳回理由的，将按规定进入授权程序。专利局发出授权通知书和办理登记手续通知书。

申请人接到通知书后应当在2个月之内按照通知的要求办理登记手续并缴纳规定的费用，按期办理登记手续的，专利局将授予专利权，颁发专利证书。

虽然软件的设计思想被允许申请专利，但对其申请文件的撰写要求极高。申请文件要突出该设计思想的创造性使其符合专利申请的三要素（新颖性、创造性、实用性）对撰写人来说，一定是个艰难的挑战。还要以技术方案的形式描述软件构思。

二、公司专利申请费用

1、申请费

发明专利900元；印刷费50元；实用新型专利500元；外观设计专利500元；发明专利申请维持费每年300元；发明专利申请审查费2500元

2、年费

（1）发明专利年费：1－3年900元；4－6年1200元；7－9年2000元；10－12年4000元；13－15年6000元；16－20年8000元

（2）实用新型年费：1－3年600元；4－5年900元；6－8年1200元；9－10年2000元

（3）外观设计专利年费：1－3年600元；4－5年900元；6－8年1200元；9－10年2000元

专利局可以就某些费用（申请费、发明申请审查费、发明申请维持费、复审费和授权后三年的年费五项）对确有困难的申请人实行减缓。申请人为单位的，可减缓上述费用的70％，申请人为个人的，可减缓上述费用的85％。