《意见》指出，随着我国人口的快速增长和经济社会的高速发展，生态系统尤其是水生态系统承受越来越大的压力，出现了水源枯竭、水体污染和富营养化等问题，河道断流、湿地萎缩消亡、地下水超采、绿洲退化等现象也在很多地方发生。《水法》第四、三十、四十条等都明确提出了保护水资源与水生态系统的要求。开展水生态系统保护与修复工作是贯彻落实《水法》，实现人与自然和谐相处的重要内容，是各级水行政主管部门的重要职责。

《意见》明确提出水生态系统保护与修复遵循的指导思想、基本原则和目标。水生态系统保护与修复工作应遵循的指导思想：树立科学发展观，贯彻治水新思路，通过水资源的合理配置和水生态系统的有效保护，维护河流、湖泊等水生态系统的健康，积极开展水生态系统的修复工作，逐步实现水功能区的保护目标和水生态系统的良性循环，支撑经济社会的可持续发展。水生态系统保护与修复遵循工作应坚持的四项原则：遵循自然规律原则，社会、经济现实可行原则，保持水生态系统的完整性和多样性原则，长期性原则。水生态系统保护与修复工作的总体目标：是通过水资源的科学规划、合理配置、节约、高效利用，采取水土保持等各种水生态系统保护或修复措施，长期保持全国水生态系统的健康状况，遏止局部水生态系统失衡趋势，促进其良性循环。通过水生态系统保护与修复工作，建立水生态系统保护与修复工作的管理体系、技术体系和工作制度。水生态系统保护与修复工作近期目标：选择不同类型的水生态系统，开展保护或修复试点工作，探索和总结水生态系统保护与修复的工作经验，为全面开展水生态系统保护与修复工作提供借鉴;提出水生态系统保护与修复工作的指导意见和技术原则。

《意见》强调，水生态系统保护与修复工作既有特殊性又有普遍性。开展保护与修复工作不仅要建设一些工程，更要将保护措施融合在各项水利工作中。要转变观念，按照水利不仅为经济发展，而且为良好生态系统建设提供支撑的要求，提出和实施水生态系统保护和修复工作的综合措施。要着重抓好以下六项工作：

1、水生态系统保护和修复专项规划。

2、水生态系统的保护与修复工程。

3、水生态系统保护与修复管理规范化建设。

4、开展水生态系统监测与评价。

5、开展基础研究工作。应选择热点地区，针对典型问题进行水生态系统保护和修复的试点。

6、与流域陆域资源管理的结合。