建设工程合同纠纷处理流程如下：

1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。

2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。

3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导

一、重新申领建筑工程施工许可证的流程

1、建设单位变更的，建设单位重新申领建筑工程施工许可证时，应提交以下材料：(1)变更情况说明及法人委托书;(2)原施工许可证正本、副本原件;(3)重新填写、盖章的施工许可申请表;(4)建筑施工企业安全生产管理人员安全生产考核合格证书原件(5)已变更的国有土地使用证书、建设工程规划许可证。房屋装饰装修工程应当提交房屋所有权人同意的证明;(6)在建工程，提交施工、监理合同变更备案表;(7)竣工工程，提交原建设单位与施工单位、监理单位的合同终止备案登记表;(8)需要挖掘道路的，提交道路主管部门、公安机关交通管理部门同意掘路占道证明;(9)需要提交资金证明的，续建工期不足1年的，到位资金不得少于续建工程合同价款的50%;续建工期超过1年的，到位资金不得少于续建工程合同价款的30%;2、施工单位发生变更的，建设单位重新申领施工许可证时，应提交以下材料：(1)变更情况说明及法人委托书;(2)原施工许可证正本、副本原件;(3)建筑施工企业安全生产管理人员安全生产考核合格证书原件(4)重新填写、盖章的施工许可申请表;(5)招投标管理部门出具的施工合同解除备案表;(6)建设单位与原施工单位共同确认的原施工单位已退出施工现场的声明;(7)变更后的施工合同备案表。办理建筑工程许可证的流程(1)申请人提出申请;(2)到建筑工程管理科办理;(3)建筑工程管理科受理后十五个工作日内作出是否许可的决定;资料符合要求，颁发建筑工程施工许可证。

二、转包具有哪些法律特征

（1）转包人不履行建设工程合同全部义务，不履行施工、管理、技术指导等技术经济责任。转包人在承包工程后，并不成立项目经理部，也不委派技术人员和管理人员对工程建设进行管理和技术指导，往往以收取总包管理费的方式，将全部工程转让给转承包人，转包人不履行建设工程合同中应由承包人（转包人）履行的全部义务。

（2）转包人将合同权利与义务全部转让给转承包人，转承包人与原合同发包人之间建立了新的事实合同关系（原合同指发包人或总包人与转包人之间的建设工程合同，下同）。转包后，转包人不履行原合同约定的全部建设工程任务，全部的建设工程均由转承包人完成，这样在转承包人与原合同发包人之间建立了新的事实合同关系。

（3）转包人对转承包人的履行行为承担连带责任。工程转包后，在转包人并不退出原合同关系的前提下，转承包人与原合同发包人建立了新的事实合同关系，转承包人应就建设工程的质量、工期、安全对原合同发包人承担责任。同时，转包人也应按照原合同就建设工程的质量、工期、安全对原合同发包人承担责任。这里要特别指出的是，按照法律规定，承担连带责任必须有法律定规定或合同的约定，建筑法第六十七条第二款规定：“承包单位有前款规定的违法行为的，对因转包工程或者违法分包的工程不符合规定的质量标准造成的损失，与接受转包或者分包的单位承担连带赔偿责任。”因此转包人与转承包人应就建设工程的质量对原合同发包人承担连带责任。

三、工程转包和工程分包的区别

工程分包与转包的区别如下：1、主体不同。转包发生在总承包人和转承包人之间；分包则发生在总承包人与分包人之间。2、对象不同。转包的对象是施工合同的全部工程；而分包仅指主体工程外的分部分项工程，是承发包合同中一部分。《民法典》第七百九十一条规定，发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程支解成若干部分发包给数个承包人。总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。