协议离婚时，夫妻双方就两个孩子的抚养权归属协商一致的，按照双方当事人的意思分配。协商不能达成一致的，法院一般按照一人抚养一个孩子的原则进行判决，判决抚养权时应当参考孩子的年龄性别、父母的经济状况等因素，依据以下原则判决：

（一）孩子不足两周岁的，由母方抚养，但是下列情形可随父方生活：

1．母方有抚养条件不尽抚养义务而父方要求孩子随其生活的；

2．母方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病孩子不宜与其共同生活的；

3．因其他原因孩子确无法随母方生活的。

（二）孩子在两周岁到八周岁的，按照最有利其成长的原则判决，下列情形可予优先考虑：

1．该方已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；

2．该方无其他子女而对方有其他孩子的；

3．孩子随其生活时间较长改变生活环境对其健康成长明显不利的；

4．孩子随其生活对其成长有利且对方不宜与子女共同生活的。

5．父方与母方抚养孩子的条件基本相同，双方均要求孩子与其共同生活，但孩子单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求且有能力帮助照顾的。

在有利于保护孩子利益的前提下，父母双方协议轮流抚养孩子的，可予准许。

（三）孩子在八周岁以上的，征求孩子意见，尊重其真实意愿。

具体怎么协议离婚

协议离婚具体需按照以下程序办理：

1、子女抚养、财产以及债务处理等相关实现，应先由夫妻双方协商好；

2、签订离婚协议书；

3、双方共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记；

4、经过三十天冷静期，双方亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。