员工因为工伤认定和单位出现纠纷是可以申请劳动仲裁的，主要是在员工无法证明与用人单位存在劳动关系时会出现纠纷。

根据《工伤保险条例》第十八条规定，提出工伤认定申请应当提交下列材料：

(一)工伤认定申请表；

(二)与用人单位存在劳动关系(包括事实劳动关系)的证明材料；

(三)医疗诊断证明或者职业病诊断证明书(或者职业病诊断鉴定书)。

依据《劳动争议调解仲裁法》第二条规定，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

(一)因确认劳动关系发生的争议；

(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

(六)法律、法规规定的其他劳动争议。

因此当员工申请工伤认定，但又无法证明与用人单位存在劳动关系而用人单位又否认与员工存在劳动关系时，可以申请仲裁。

建议员工要跟公司签订劳动合同，保存厂牌以及工资条等证据。

一、工伤认定是否属于行政裁决

工伤认定属于行政裁决。根据我国目前法律、法规的规定，行政裁决的种类有以下八种：

1、侵权纠纷。侵权纠纷是由于一方当事人的合法权益受到他方侵犯而产生的纠纷。平等主体一方当事人涉及行政管理的合法权益受到他方侵害时，当事人可以依法申请行政机关进行制止和决定赔偿，行政机关就此争议作出裁决。法律明文规定行政主体在对违法行为做出处理的同时，对违法行为人的侵权行为造成他人的损害可依法做出强制性赔偿裁决。

2、补偿纠纷补偿。在现代汉语中的解释是“抵消损失、消耗，补足缺失、差额”，在法学词语中，是指对财产侵害行为造成损失的补偿，着眼于被剥夺的财物，予以公平弥补。

3、损害赔偿纠纷。损害赔偿纠纷是一方当事人的权益受到侵害后，要求侵害者给予损害赔偿所引起的纠纷。这种纠纷通常存在于食品卫生、药品管理、环境保护、医疗卫生、产品质量、社会福利等方面。产生损害纠纷时，权益受到损害者可以依法要求有关行政机关作出裁决，确认赔偿责任和赔偿金额，使其受到侵害的权益得到恢复或赔偿。

4、权属纠纷。权属纠纷，是指双方当事人因某一财产的所有权或使用权的归属产生争议，包括土地、草原、水流、滩涂、矿产等自然资源的权属争议，双方当事人可依法向行政机关请求确认，并作出裁决。

5、国有资产产权。如《国有资产产权界定和产权纠纷处理暂行办法》第29条规定：全民所有制单位之间因对国有资产的经营权、使用权等发生争议而产生的纠纷，应维护国有资产权益的前提下，由当事人协商解决。协商不能解决的，应向同级或共同上一级国有资产管理部门申请调解和裁定，必要时报有权管辖的人民政府裁定，国务院拥有最终裁定权。

6、专利强制许可。如《专利法》第54条规定：取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。

7、经济补偿。所谓劳动工资、经济补偿纠纷，是指因用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资，拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬，低于当地最低工资标准支付劳动者工资，或者解除劳动合同后未依法给予劳动者经济补偿而发生的纠纷。

8、民间纠纷。如国务院颁布的《民间纠纷处理办法》规定，基层人民政府可以依法裁决民间纠纷。基层人民政府对民间纠纷作出处理决定应当制作处理决定书，并经基层人民政府负责人审定、司法助理员署名后加盖基层人民政府印章。基层人民政府作出的处理决定，当事人必须执行。如有异议的，可以在处理决定作出后，就原纠纷向人民法院起诉。超过十五天不起诉又不执行的，基层人民政府根据当事人一方的申请，可以在其职权范围内，采取必要的措施予以执行。