(一)代开运输发票抵扣问题。

新规定不仅规定了运输单位提供货物运输劳务自行开具的运输发票允许抵扣，同时明确运输单位主管地方税务局及省级地方税务局批准的中介机构，为运输单位和个人代开的运输发票，可以进行增值税抵扣，比现行规定国营、非国有承运单位的范围要宽，解决了执行中其他单位代开具运输发票是否可以申报抵扣的问题。

(二)货运发票票面要求。

增值税一般纳税人2003年11月1日起取得的货物运输发票，票面项目必须填写齐全，特别明确要填有购货方的名称和购货方纳税人识别号，否则视作不规范发票。这源自《货物运输业营业税征收管理试行办法》中运输发票填写要求规定，自开票纳税人和代开票单位必须按照规定逐栏、如实填开货物运输发票，凡开具给增值税一般纳税人的货物运输发票，必须填写该纳税人的名称和纳税人识别号，它是运输发票人工采集、网络传输、电脑比对的重要要素。

(三)人工采集《增值税运输发票抵扣清单》信息及报送。

纳税人取得需要计算抵扣增值税进项税额的运输发票，必须逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，同时采用国家税务总局统一开发并免费提供使用的“货物运输发票信息采集软件(一般纳税人版)【纳税人可从国家税务总局网站】

(四)“自开票之日起90天”的抵扣时间。

纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，从自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。该“90天”指公历日期90天(3个月时间)，与增值税防伪税控专用发票认证时间相同。纳税人取得的2003年10月31日以前开具的运输发票，必须在2004年1月31日前抵扣完毕，逾期不再抵扣。在办理申报抵扣时，必须报送《增值税运输发票抵扣清单》。由此可见，运输发票增值税抵扣允许在一定时间内采用先抵扣后比对，不再执行工业生产企业购进货物是否已入库，商业企业是否已付款的规定。

(五)《增值税运输发票抵扣清单》与纳税申报资料的相关关系。

填写或审核时要注意《增值税运输发票抵扣清单》中的“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额、计算抵扣的进项税额”项数据必须与《增值税纳税申报表附列资料(表二)》中第8栏“7%扣除率”的“金额、税额”项数据保持一致。

(六)法律责任。

从2003年12月1日起，国家税务局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况由稽查部门进行稽查，经查实确有问题的，由主管税务局追回已抵扣税款，并按《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定进行处罚。

(七)统一规范的运输发票样式和内容。

这次《货物运输业营业税征收管理试行办法》规定了货物公路、内河运输发票在全国范围统一样式和内容，规定货物公路、内河运输企业必须使用全国统一的运输发票(具体启用时间待定)，并规定了铁路运输、航空运输、海洋运输的货物运输业发票的格式和内容。也即是说，增值税一般纳税人即将取得全国规范的运输发票，长期以来各地货物运输业发票存在的名称、格式、项目五花八门，运输费用与其他杂费难于划分的问题将有望得到解决。

(八)新规定适用于提供公路、内河运输劳务的运输单位自行开具的运输发票、运输单位主管地方税务局及省级地方税务局委托的代开发票。

中介机构为运输单位和个人代开的运输发票计算申报抵扣进项税额，增值税一般纳税人购进货物取得的防伪税控专用发票票面列有运输费用的，按照防伪税控增值税专用发票抵扣有关规定办理。