目前企业发行债券采用的抵押登记方式主要有以下两种：

1、先发行债券再办理抵押登记手续

(1)在发行本期债券前，抵押人先出具《抵押资产承诺函》，承诺将明确的抵押资产用于为本期债券的本息偿付提供抵押担保，并在本期债券发行完毕后的一定期限内完成抵押资产登记手续。同时，抵押资产相对应的政府主管部门(比如：抵押资产是土地使用权的，其对应的政府主管部门为国土局)出具有关抵押资产抵押问题的书面说明，证明抵押人对抵押资产享有完整的权利，并同意为抵押人发行本期债券的抵押资产办理抵押登记手续。

(2)发行人还要为本期债券发行聘请一家机构(一般为商业银行或证券公司)作为抵押权代理人和抵押资产监管人，由发行人/抵押人与该机构签署《抵押担保协议》和《抵押资产监管协议》。

(3)在国家发展改革委等审批机构批准发行债券后，发行人开始发行本期债券，并在本期债券发行完毕后的规定期限内办完抵押登记手续。

采用这种方式，由于本期债券已经发行完毕，债券持有人身份已经明确，办理抵押登记手续就不存在法律障碍。

2、先办理资产抵押登记手续，再发行企业债券

由于企业债券发行前债券持有人身份尚未确定，采用这种方式发行企业债券，通常的做法是：

发行人先行为本期债券聘请一家抵押权代理人和一家抵押资产监管人(抵押权代理人和抵押资产监管人一般为商业银行和证券公司，可为两家不同机构，也可为同一家机构)，由抵押人与抵押权代理人签署《抵押担保合同》，约定：

(1)抵押人应当在本期债券发行之前与抵押权人办理完成抵押资产登记手续，抵押权自登记时设立。

(2)双方应按照抵押登记机构的要求及时提供相关登记资料及文件。

抵押登记机构就《抵押担保合同》项下资产抵押登记核发的他项权利证书或其他抵押登记证明文件的正本原件由抵押权人保管。在取得国家发展改革委等审批机构批准发行债券后办妥资产抵押登记手续，再按照发行计划发行债券。

采用这种方式，由于本期债券尚未发行，债券持有人身份尚未确定，因此，存在被抵押登记部门拒绝办理抵押登记的潜在风险。

抵押资产相对应的政府主管部门出具有关抵押资产抵押问题的书面说明，证明抵押人对抵押资产享有完整的权利，并同意为抵押人发行本期债券的抵押资产办理抵押登记手续。