1、医疗保险基金要与其他保险基金统一管理、分账核算。根据《社会保险费征缴暂行条例》的规定，社会保险费实行“三费合征”，由税务机关或社会保险经办机构对三项社会保险费集中、统一征收。《财务制度》要求社会保险基金实行统一管理，按险种分别建账，分账核算，专款专用，自求平衡，不得相互挤占和调剂。基金实行统一管理，具体就是机构、人员、财务管理要求、财务政策、财务报告的编制等等方面的统一。但由于各项社会保险基金分属不同险种，其保险的原则与方针、管理与协调、权利与义务、范围与标准、资金来源与运用等环节的不尽相同，国家对各项社会保险基金管理的具体要求和规定也不尽一致。因此，在基金统一管理的原则下，基金要按不同险种分别建账，分账核算；各项基金都要按照国家规定的用途做到专款专用，自求平衡，不同险种的基金不得相互挤占和调剂。

2、医疗保险基金管理要与医疗保险行政管理分开。医疗保险行政管理主要是制定有关的政策、法规和工作程序，并对医疗保险事业进行规划、调控、监督等等。医疗保险业务经办则由医疗保险经办机构负责，包括基金的筹集、运营、给付等内容。医疗保险的经办机构作为政府授权的非营利性事业机构，受政府委托，根据政府颁布的有关法规，依法独立行使职能，负责医疗保险工作的正常运行。

3、基本医疗保险基金按时、足额筹集，任何地区、部门、单位和个人不得截留和减免。基本医疗保险基金是广大保险对象的“活命钱”，按国家有关规定按时、足额筹集各项社会保险基金，不仅是缴费单位和缴费个人的法定义务，也是国家赋予税务机关和社会保险经办机构的神圣职责，体现了社会保险制度的强制性和严肃性。基金能否根据规定按时、足额筹集，直接影响到基本医疗保险待遇的给付，直接关系到职工本人的社会保险权益，关系到社会医疗保险制度的平稳顺利实施，影响到改革、发展和稳定的大局。基本医疗保险基金征收标准是经过周密计算确定的，如果对基金实行减免，不只单纯影响基金的筹集总量和规模，也影响到职工个人的切身利益。

4、要按照保证职工基本医疗需求的原则，严格执行国家有关职工医疗保险基金支出范围和标准的规定。任何地区、部门、单位和个人不得以任何名义擅自扩大开支范围、增加开支项目和提高开支标准。基金支付管理应遵循的原则：一是统筹范围内支付的原则。即基金必须支付给统筹范围内所有参加了医疗保险的保险对象，并且基金的支付必须在统筹地区范围内，不得跨统筹范围支付。二是专款专用的原则。基本医疗保险基金只能用于职工的基本医疗保障，除了这种特定用途外，任何地区、部门、单位和个人均不得挤占挪用，将基本医疗保险基金用于其他任何方面开支都是对保险对象合法利益的侵占，都是违法行为。三是统一性的原则。基本医疗保险基金的支出要严格按照国家政策规定的项目和标准开支，要维护国家的整体利益，保持各项政策执行的统一性，任何地区、部门、单位和个人都不得以任何借口擅自增加支出项目，提高支出标准。四是适度性的原则。基金的支付既要维持合理的支付水平，满足保险对象最基本的医疗需要，又不能超越生产力发展水平及各方面的承受能力，盲目扩大支付规模，提高待遇水平。

5、基本医疗保险基金按照社会统筹和个人账户分开核算的原则管理，要严格界定各自的支付范围和责任。各地要根据本地基本医疗保险基金的筹资水平、当地的经济状况等，科学合理地确定统筹基金的起付标准和最高支付限额。医疗保险统筹基金和个人账户基金各自平衡，不得互相挤占。统筹基金要按照“以收定支，收支平衡，略有结余”的原则，加强支出管理，既要保障职工的基本医疗，又要量入为出，合理有效地使用医疗统筹基金，做到统筹基金不出赤字，略有结余。个人账户的全部资金（本金和利息）归职工个人所有，可以结转和继承，但只能专款专用，不得提取现金或挪作他用。

6、基本医疗保险基金要纳入财政专户，实行收支两条线管理。职工基本医疗保险是政府为保障职工基本医疗而实行的一项社会保险制度，职工基本医疗保险基金是以政府信誉强制征收的、用于职工基本医疗保险的专项基金，是专为基本医疗保险而收、专为基本医疗费用而支的收支相对应、有特定用途的资金，国家必须有较为完善的基金管理和监督体制。职工基本医疗保险基金纳入的财政专户，实行收支两条线管理，能够建立有效的部门间相互制约机制，有利于保证基金的安全。纳入财政专户管理，职工基本医疗保险基金的筹集、支付、运营等各个环节，都处在劳动保障部门、财政部门和金融部门的监控之下，形成三者之间相互协作、相互约束的局面，有利于建立起完善有效的相互制约机制。职工基本医疗保险基金纳入财政专户管理，也与基本养老保险、失业保险等基金管理的办法一致，有利于各项社会保险基金的统一管理。

7、要建立健全基本医疗保险基金监督机构。首先，社会保险经办机构要建立健全基金预决算制度、财务会计制度、审计制度和各项内部管理制度，加强内部管理监督。其次，还要加强对基本医疗保险基金的行政监督、审计监督和社会监督。劳动保障部门和财政部门要对职工基本医疗保险基金预算、决算等进行审核，对基金的收支管理情况进行监督等；审计部门要定期对社会医疗保险的基金收支情况和社会保险经办机构的管理情况进行监督；社会保险基金监督组织、人民代表大会等应定期不定期对职工基本医疗保险基金的收缴、使用等情况进行监督。

8、基本医疗保险基金在投资运营中应遵循的原则：一是安全性原则。基本医疗保险基金是消费性基金，最终是要支付给个人的，投资的第一要求必须具有安全性。投资的基金不能回收上来，就不能实现保值的目标。所以，基金结余运用首先要遵循安全性原则。二是收益性原则。基金投资必须要获得一定的收益，这是基金保值增值的基本要求，因此，基金结余的必须遵循收益性原则。三是流动性原则。基金作为一项具有专项用途的基金，主要用于支付与医疗保险待遇有关的费用，因此必须保证支付及时。