合作医疗是公司交还是自己交，取决于是否与公司签订劳务合同。在职期间与公司签订正规劳务合同，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，缴纳五险一金，合作医疗包含在五险内，因此合作医疗由公司进行缴纳；如果没有签订劳务合同，隶属于劳务派遣工，合作医疗需自己缴纳。

合作医疗必须交吗

合作医疗不是必须交，但如果不交会影响医疗报销，具体如下：

1、影响农民住院报销，如果不断缴，农民生病住院只要达到了报销标准就会给报销一定比例的医药费，如果断缴了就失去了这方面的权利；

2、买药要自费。交了新农合农民就可以使用保障卡到药店买药，如果断缴，保障卡就失效了，农民买药只能自费；

3、会影响后续新农合的上缴。如果年年上缴，新农合方面就会有个良好的记录，而如果中间断缴了，后续想续交就会比较麻烦，可能需要相关的证明。相关的办理程序：

（1）本人申请并积极缴纳合作医疗款；

（2）村委会审核并向镇合管站提交筹资花名册、筹资票据；

（3）镇合疗办复查，审核合疗筹资表，向县合疗中心提出申请签证；

（4）县合疗经办中心审核无误后，办理签证、盖章、登录，确认。

法律依据：《中华人民共和国保险法》第二十四条

保险人依照本法第二十三条的规定作出核定后，对不属于保险责任的，应当自作出核定之日起三日内向被保险人或者受益人发出拒绝赔偿或者拒绝给付保险金通知书，并说明理由。

第二十五条

保险人自收到赔偿或者给付保险金的请求和有关证明、资料之日起六十日内，对其赔偿或者给付保险金的数额不能确定的，应当根据已有证明和资料可以确定的数额先予支付；保险人最终确定赔偿或者给付保险金的数额后，应当支付相应的差额。

《中华人民共和国社会保险法》第五十八条用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。