如果健身房扣员工的工资，那么可以申请劳动仲裁的。

一、劳动仲裁程序简介：

劳动仲裁一般分为四个步骤：当事人申请、审查受理、仲裁前的准备、仲裁审理。其中当事人申请是劳动仲裁程中及为重要部分，申请人是否与本案有直接利害关系，否者难以通过第二步的审查。

二、劳动仲裁程序第一步：当事人申请

当事人申请是劳动争议仲裁委员会处理劳动争议案件的先决条件和必经程序。仲裁委员会处理劳动争议案件必须有当事人的申请，否则，仲裁委员会无权仲裁该案件。

根据《劳动争议调解仲裁法》的有规定：

“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”

当事人向仲裁委员会申请仲裁必须提交书面申请，申请书应当写明：申请人姓名、职业、住址、工作单位，企业的名称、地址，法定代表人的姓名、职务;被申请人的情况;申请请求和事实根据;委托代理人的资格及代理权限;申请日期等。

因此一定要在法律规定的时间提出仲裁申请，以保障劳动者的胜诉权。

三、劳动仲裁程序第二步：审查受理

仲裁委员会办事机构接到仲裁申请书后，应对以下事项进行审查：申请人是否与本案有直接利害关系;申请仲裁的争议是否属于劳动争议;申请仲裁的劳动争议是否属于仲裁委员会的受理范围;该劳动争议是否属于本仲裁委员分管辖;申请书及有关材料是否齐备符合要求;申请时间是否符合申请仲裁的时效规定等。对申请材料不齐备或有关情况不明确的仲裁申请书，应告知申请人予补充。

劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人;认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。对劳动争议仲裁委员会不予受理或者逾期未作出决定的，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

仲裁庭会通知申请人该劳动争议仲裁申请是否受理，劳动者要注意接收仲裁庭的消息。

四、劳动仲裁程序第三步：仲裁前的准备

①组成仲裁庭。仲裁委员会对决定受理的劳动争议案件，应在自立案之日起7日内按《劳动争议仲裁委员会组织规则》的规定组成仲裁庭。对事实清除，案情简单，适用法律、法规明确的案件，可由仲裁委员会指定1名仲裁员独任进行。

②对应当回避的仲裁委员会的成员、被指定的仲裁员、仲裁庭的书记员、鉴定人、勘验人和翻译人员等，作出回避决定。

③调查取证。仲裁庭人员应认真阅当事人的申请和答辩材料，调查、收集证据，查明争议事实。对于需要勘验或鉴定的问题，应提交法定部门进行，没有法定部门的，由仲裁员会委托有关部门进行。各地仲裁委员会之间可以互相委托调查，受委托方应当在委托方要求的期限内完成调查。因故不能完成的，应当在要求期限内函告委托方仲裁委员会。

④拟定仲裁方案。仲裁庭成员应当根据调查的事实，拟定对劳动纠纷的处理方案。

五、劳动仲裁程序第四步：仲裁审理

①通知当事人。仲裁庭应当在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。当事人有正当理由的，可以在开庭三日前请求延期开庭。是否延期，由劳动争议仲裁委员会决定。

申请人收到书面通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以视为撤回仲裁申请。

被申请人收到书面通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以缺席裁决。

②先行调解。仲裁庭审理劳动争议案件应先行调解，调解不成的，要及时仲裁。经调解达成协议的，制作仲裁调解书，调解书由双方当事人签字、仲裁员署名，加盖仲裁委员会印章并送达当事人。调解未达成协议，或调解书送达前当事人反悔的，以及当事人拒绝受调解书的，仲裁庭应及时仲裁。

③开庭裁决。仲裁庭开庭裁决劳动争议案件按照以下程序进行：由书记员查明双方当事人、代理人及有关人员是否到庭，宣布仲裁庭纪律;首席仲裁员宣布开庭，宣布仲裁员书记申请回避并宣布案由;听取申请人及被诉人的答辩;仲裁员以询问方式，对需要进一步了解的问题进行当庭调查，并证询双方当事人的最后意见;根据当事人的意见，当庭再行调解;不宜进行调解或调解达不成协议的案件，及时休庭合议并作出裁决;仲裁庭复庭，宣布仲裁裁决;对仲裁庭作结论或需提交仲裁委员会决定的疑难案件，仲裁庭可以宣布延期裁决。

④制作仲裁裁决书。仲裁庭作出仲裁裁决后，应当制作仲裁裁决书。裁决书应当载明仲裁请求、争议事实、裁决理由、裁决结果和裁决日期。裁决书由仲裁员签名，加盖劳动争议仲裁委员会印章。对裁决持不同意见的仲裁员，可以签名，也可以不签名。仲裁庭当庭裁决的，应当在自裁决作出之日起7日内发送裁决书;定期另行裁决的，当庭发给裁决书。

⑤仲裁期限。仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可以延期并书面通知当事人，但是延长期限不得超过十五日。逾期未作出仲裁裁决的，当事人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

仲裁庭裁决劳动争议案件时，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行裁决。

健身房如果扣工资，那么被扣工资的员工是可以向劳动保障部门申请劳动仲裁的，对于自己被克扣工资的有关凭据递交给该部门，作出有关诉讼的申请。然后等待劳动有关部门的审查，不过这样做的后果，基本都不容易在该单位继续工作下去了。