分公司可以独立开票。分公司是公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构，不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。

但在总公司规定的经营范围内，到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。

经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。

一、股权可以转让给分公司吗

不能，具体理由如下：一、分公司不具有法人资格，不是适格的民事权利主体。分公司是指一个公司管辖的分支机构，是指公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构。按照《公司法》的规定，有限责任公司或股份有限公司设立的分公司不具有企业法人资格，其民事责任由该总公司承担。二、股权是投资人由于向公民合伙和向企业法人投资而享有的权利。分公司不是企业法人，也不能成为合伙人。没有法人财产权，不是持有股权的适格主体。综上，分公司既然没有股权，它当然不能对外转让股权。

二、办事处与分公司的区别有哪些

办事处与分公司的区别有：

1、两者经营范围不同，办事处只可以从事总公司营业范围以内的业务，而分公司则可以从事经营活动；

2、两者从企业所得税上不同；

3、两者在增值税上有所不同，办事处因为其无法从事经营活动，因此其在当地无需缴纳增值税；而分公司具备经营活动的资格，所以必须要在其所在地缴纳增值税。

根据《中华人民共和国公司法》规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。

三、分公司是否需要单独交税

分公司不需要单独交税。分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。分公司是指一个公司管辖的分支机构，是公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构。虽有公司字样但并非真正意义上的公司，无自己的章程，公司名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。

设立分公司时，应该具备以下几个条件：

1、所设立的分公司有符合规定的公司名称；

2、分公司的营业场所必须是公司住所之外的地方；

3、分公司的经营范围，不可以超出公司的经营范围；

4、按照相关法律规定，在设立分公司时必须报经有关登记机关的审批。