1、利用法人治理结构不规范侵害中小股东的权益。

各国公司立法试图设计一套内外相互制衡的，完善的法人治理结构，但由于公司权力在权力机构、决策机构、监督机构中难以科学、合理的分设，因此理想的、规范的法人治理结构难以形成，所以公司监督机构在保护公司权益，特别是中小股东权益上尚难尽人意。我国公司治理结构与这种理想的、学理上的治理结构相差甚远，相当一部分公司大股东交叉任职，权力难以制衡，即使设立独立董事，由于产权不明，高层管理人员与独立董事很容易形成高层共谋，造成公司决策缺乏公正性保障，给大股东侵害公司和中小股东权益提供了便利条件，当大股东利用公司进行有损中小股东权益的决策时，中小股东难以揭开公司面纱，找到保护自身权益的有效途径。

2、利用股份畸形大肆侵害中小股东权益。

股东股份的取得，必须遵循公开、公正、公平和同股、同价、同权，即三公、三同的原则，简单地讲，如果股东违反三公、三同的原则，所取得的股份，即为畸形股份。公司股份畸形，是由于公司的股份形成机制不完善而造成的。我国国企改制中，由于对国有资产采取净资产评估的方法，通常对国有固定资产低估，有些甚至对无形资产不加以评估，使国有资产的价值大量缩水，这无形中贬低了国有股股份的价值，相对提高了其他股的股份价值，造成股份畸形，此其一。

其二，在改制时大股东以净资产确认取得股份，而中小股东更多的是在二级市场通过市场交易价取得股份，同样会造成股份畸形。以畸形方式取得的股份，对公司难以拥有相同的剩余索取权和控制权，在侵犯国有股权的同时大股东的权益被放大，中小股东权益被缩小。再者国家股无自由流通权，其他股东股份有自由流通权，股份的这种不同权就会造成国家股、法人股的非公开、非公正交易，甚至出现幕后非法交易，为大股东操纵公司、操纵二级市场提供了可乘之机，在破坏二级市场正常交易秩序的同时，严重侵害了中小股东合法权益。

3、利用资本的多数决原则侵害中小股东权益。

资本多数决原则是股东平等原则的必然要求，每个股东都是平等的，但并非每个股东对公司的权力都是一样的，大股东由于拥有较多的股份，而拥有较大的表决权，按照这一原则，持股最多股东的意思就是公司的意思，在这种情况下，如果没有另外的一个权力对抗制约大股东的权力，那么这个权力极有可能通过公司而被滥用，其结果必然会侵害中小股东权益。

4、利用关联企业转移公司资产，从而侵害中小股东权益。

关联企业在公司法律体系中有其重要的地位，由于商业的发展和经济活动的多样化，公司间的合并、分立或公司的集团化促使不同公司间的联系越来越紧密，股份有限公司之间由于控股、兼并等行为往往出现利润的分享，企业间的依附等情况。虽然关联企业各自都是独立的法人企业，它们之间进行经济交易自然要计价收费，但由于二者之间有关联关系，一方可以控制另一方，或同被第三方所控制，所以它们之间的交易作价属于公司集团内部的转让定价，这种交易作价可以由公司集团进行控制。因此出现了公司利用与其他公司间的关联关系转移利润或债务，从而损害中小股东权利的现象。例如，大股东利用其在股份有限公司中的支配地位，通过高价收购或低价销售的方式，将公司的利益转移到与自己有关联的企业，从而导致对其他股东利益的侵害。